| Item type |
SIG Technical Reports(1) |
| 公開日 |
2022-11-22 |
| タイトル |
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タイトル |
Inexact seedを用いた散在反復配列検出手法の開発 |
| タイトル |
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言語 |
en |
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タイトル |
Interspersed repeat detection using inexact seed |
| 言語 |
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言語 |
jpn |
| 資源タイプ |
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資源タイプ識別子 |
http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh |
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資源タイプ |
technical report |
| 著者所属 |
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早稲田大学／産総研・早稲田大学CBBD-OIL |
| 著者所属 |
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東京大学 |
| 著者所属 |
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東京大学 |
| 著者所属 |
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早稲田大学 |
| 著者所属 |
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早稲田大学／産総研・早稲田大学CBBD-OIL |
| 著者所属(英) |
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en |
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Waseda University / AIST・Waseda CBBD-OIL |
| 著者所属(英) |
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en |
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University of Tokyo |
| 著者所属(英) |
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en |
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University of Tokyo |
| 著者所属(英) |
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en |
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Waseda University |
| 著者所属(英) |
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en |
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Waseda University / AIST・Waseda CBBD-OIL |
| 著者名 |
武田, 淳志
野中, 大輔
今津, 裕太
福永, 津嵩
浜田, 道昭
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| 論文抄録 |
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内容記述タイプ |
Other |
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内容記述 |
多くの真核生物のゲノムに大量に存在する散在反復配列を，データベースなしで高感度に検出するソフトウェア，REPrise (REPeat Recognition using Inexact_Seed-and-Extend) を開発した．REPriseは，既存手法 RepeatScout をベースに，以下の三点の改良を施した．(1) Seed-and-extend algorithm において，seed に文字の置換を許容する inexact seed を採用した．(2) Extension alignment に affine gap を導入した．(3) 一度検出した repeat に含まれた seed を除去する masking step において，seed を除去されにくくした．ベンチマークの結果，REPris eは RepeatScout よりも高感度に散在反復配列を検出することを示した． |
| 書誌レコードID |
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収録物識別子タイプ |
NCID |
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収録物識別子 |
AA12055912 |
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO）
巻 2022-BIO-72,
号 6,
p. 1-2,
発行日 2022-11-22
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| ISSN |
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収録物識別子タイプ |
ISSN |
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収録物識別子 |
2188-8590 |
| Notice |
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SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. |
| 出版者 |
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言語 |
ja |
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出版者 |
情報処理学会 |
IPSJ-BIO22072006.pdf (710.9 kB)
