テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法のN6-メチルアデノシンを介した転写因子，生物パスウェイ，疾患の同定への応用

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2022-09-05
• タイトル: テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法のN6-メチルアデノシンを介した転写因子，生物パスウェイ，疾患の同定への応用
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 中央大学
• 著者所属: インド工科大学マドラス校
• 著者所属: インド工科大学マドラス校
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Chuo University
• 著者名: 田口, 善弘; デゥハランシー, アキラ; マイケル, グロミハ
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: N6-メチルアデノシン（m6A）編集は，様々な生物学的プロセスに寄与することが知られている最も一般的な RNA 修飾である．しかし，m6A がどのようなメカニズムで転写を制御しているかは不明です．最近，m6A はヒストン修飾を介して転写を制御することが提案されましたが，このデータセットを用いた包括的な解析は行われていません．本研究では，マウス胚性幹細胞（mESC）とヒト癌細胞株（HEC-1-A） からなるデータセットにテンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択法を適用し，ヒトとマウスで有意に重複する 2 組の遺伝子（2 種共通の遺伝子総数 16763 個のうち有意に重複する遺伝子 63 個）を特定することに成功した．これらの有意に重複する遺伝子は，両遺伝子セットから最大で 10% の遺伝子を占めている．これらの 2 つの遺伝子セットを用いて，m6A が誘導する可能性のある転写因子（TF），m6A が寄与する可能性のある生物学的過程，m6A が引き起こす可能性のある疾患を同定したが，これらは互いに大きく重複している．これらの結果は，2 つの独立したデータセットを用いて共通に同定されたため，これらの転写因子，生物学的過程，および疾患に関する結果は，非常に頑健で信頼できるものであると考えられる．この結果は，m6A がどのようなメカニズムで生物学的プロセスに寄与しているのかを理解するのに役立つと思われる．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2022-BIO-71, 号 1, p. 1-8, 発行日 2022-09-05
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会