Elementary flux mode型経路における代謝産物分子の生成・利用状態のスナップショットとしての化学量論的な代謝ネットワーク構造

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2021-06-21
• タイトル: Elementary flux mode型経路における代謝産物分子の生成・利用状態のスナップショットとしての化学量論的な代謝ネットワーク構造
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Stoichiometric metabolic network structure as a snapshot of the state of formation and utilization of metabolite molecules in elementary flux mode type pathway
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: バイオ情報学 (1)
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 岡山大学学術研究院医歯薬学域（医）生化学分野
• 著者名: 太田, 潤
• 著者名(英): Jun, Ohta
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 代謝ネットワークにおける “経路” として，化学量論的に釣り合った個々の反応の集合としての “経路” である elementary flux mode 型経路（EFM型経路）を考えることができる．EFM 型経路に対して可能な化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造（化学量論的な代謝ネットワーク構造）のそれぞれを EFM 型経路の variant と呼び，EFM 型経路に含まれる反応に関する情報から，EFM 型経路の unique な variant すべてを求めるアルゴリズムを開発してきた．開発したアルゴリズムにおいては，存在可能な 1 つの variant に対する置換として他の異なる variant を算出する．本稿では，各 variant が何種類の異なる置換から生成し得るかを高速に計算する方法を述べる．EFM 型経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造を，EFM 型経路における代謝産物分子の生成・利用状態のスナップショット（ある瞬間に存在する EFM 型経路上の各代謝産物分子を直接生成した反応と次の瞬間に直接利用する反応を示す）として理解するとき，各置換には，variant に加えて，代謝産物分子の生成・利用状態が対応する．各 variant が何種類の異なる置換から生成し得るかの情報から，各 variant に対応する型の，EFM 型経路における代謝産物分子の生成・利用状態の起こりやすさがわかると考えられる．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2021-BIO-66, 号 22, p. 1-7, 発行日 2021-06-21
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会