Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造の算出: 算出されたネットワーク構造間の異同判定の高速化

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2020-11-30
• タイトル: Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造の算出: 算出されたネットワーク構造間の異同判定の高速化
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Calculation of stoichiometric metabolic network structure of elementary flux mode type metabolic pathway: Acceleration of difference judgement between calculated network structures
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 岡山大学大学院医歯薬学総合研究科（医）生化学分野
• 著者名: 太田, 潤
• 著者名(英): Jun, Ohta
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 代謝ネットワークにおける “経路” として，基質-生成物の二項関係を連ねたタイプの “経路” 以外に，化学量論的に釣り合った個々の反応の集合としての “経路” を考えることができる．この反応の集合としての “経路” を elementary flux mode 型経路（EFM 型経路）と呼んでいる．特定の EFM 型経路を定義する，経路に含まれる反応に関する情報（どの反応がいくつ含まれるか）から，その EFM 型経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造（化学量論的な代謝ネットワーク構造）を求めることは，1 つの数理的な問題ととらえられる．そして，この問題を解くことで求まる化学量論的な代謝ネットワーク構造は，経路に含まれる反応がどのような順序とつながりで働いて経路の原料分子群から目的分子群が生成するかを示す．前二稿において，EFM 型経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造を，その EFM 型経路を定義する代謝産物レベルの反応情報から算出するためのアルゴリズムを報告した．前二稿の研究では，算出される経路のネットワーク構造の異同判定がアルゴリズム全体の計算速度に影響を与える可能性が考えられた．そこで，前二稿で用いた異同判定アルゴリズム（旧異同判定アルゴリズム）の高速化を試みた．異同判定する 2 つのネットワーク構造におけるつながりの一致確認を，旧異同判定アルゴリズムでは，ネットワーク構造全体のみで行っていたが，本稿の高速化の試みでは，これに，部分ネットワーク構造レベルでのつながりの簡易一致確認（部分ネットワーク構造に特有の指標に基づく）の段階を加えた．部分ネットワーク構造レベルでのつながりの簡易一致確認の段階の追加は，高速化に非常に有効であった．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2020-BIO-64, 号 5, p. 1-7, 発行日 2020-11-30
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会