Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造算出の高速化

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2020-08-28
• タイトル: Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造算出の高速化
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Accelerating calculation of stoichiometrically balanced metabolite-level network structure of elementary flux mode type metabolic pathway
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 岡山大学大学院医歯薬学総合研究科（医）生化学分野
• 著者名: 太田, 潤
• 著者名(英): Jun, Ohta
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 代謝ネットワークにおける “経路” として，基質-生成物の二項関係を連ねたタイプの “経路” 以外に，化学量論的に釣り合った個々の反応の集合としての “経路” を考えることができる．これまで，反応の集合としての “経路” を elementary flux mode 型経路（EFM 型経路）と呼び，通常は原子レベルで考えることのない EFM 型経路に原子レベルの情報を与える（原子レベルマッピングを行う）ためのアルゴリズムを報告してきた．EFM 型経路の原子レベルマッピングでは，副産物として，EFM 型経路に含まれる反応が原料分子群から目的分子群までどのような順序で働くかを示す，経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造も算出される．前稿において，原子レベルの情報を含まない代謝産物レベル反応情報のみから，EFM 型経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造を算出するための基本アルゴリズムを，異同判定アルゴリズム（基本アルゴリズムによりネットワーク構造が複数算出された場合にそれらの異同判定を行う）とともに報告した．本稿では，大幅に高速化された，EFM 型経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造算出アルゴリズムを報告する．報告するアルゴリズムでは，基本アルゴリズムにおける置換を互換の繰り返しとして行い，互換によりネットワーク構造が算出されるごとにネットワーク構造の異同判定を行う．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2020-BIO-63, 号 1, p. 1-7, 発行日 2020-08-28
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会