Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造の算出

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2020-06-22
• タイトル: Elementary flux mode型代謝経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造の算出
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Calculation of stoichiometrically balanced metabolite-level network structure of elementary flux mode type metabolic pathway
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: BIO
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 岡山大学大学院医歯薬学総合研究科（医）生化学分野
• 著者名: 太田, 潤
• 著者名(英): Jun, Ohta
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 代謝ネットワークにおける “経路” として，in silico atomic tracing により基質-生成物の二項関係を連ねたタイプの“経路”以外に，化学量論的に釣り合った個々の反応の集合としての “経路” を考えることができる．これまで，反応の集合としての “経路” を elementary flux mode 型経路（EFM型経路）と呼び，通常は原子レベルで考えることのない EFM 型経路に原子レベルの情報を与える（原子レベルマッピングを行う）ためのアルゴリズムを報告してきた．EFM 型経路の原子レベルマッピングでは，経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造も算出される．本稿では，原子レベル情報を用いることなく EFM 型経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造を算出するための基本アルゴリズムを述べる．基本アルゴリズムにおいて，ネットワーク構造が複数算出されそれらの異同判定が必要な場合がある．本稿では，EFM 型経路の化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造の異同判定アルゴリズムについても述べる．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2020-BIO-62, 号 3, p. 1-6, 発行日 2020-06-22
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会