対称性のある代謝産物を通るelementary flux mode型代謝経路の完全原子レベルマッピング

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2020-03-05
• タイトル: 対称性のある代謝産物を通るelementary flux mode型代謝経路の完全原子レベルマッピング
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Complete atomic-level mapping of elementary flux mode-type metabolic pathways through metabolites with symmetry
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 岡山大学大学院医歯薬学総合研究科（医）生化学分野
• 著者名: 太田, 潤
• 著者名(英): Jun, Ohta
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 代謝ネットワークにおける “経路” として，in silico atomic tracing により基質-生成物の二項関係を連ねたタイプの “経路” 以外に，化学量論的に釣り合った個々の反応の集合としての “経路” を考えることができる．これまで，反応の集合としての “経路” を elementary flux mode 型経路（EFM 型経路）と呼び，通常は原子レベルで考えることのない EFM 型経路に原子レベルの情報を与える（原子レベルマッピングを行う）ためのアルゴリズムを報告してきた．本稿では，対称性のある代謝産物を通る EFM 型経路にも正しく原子レベルマッピングを行うことができるよう，これまでのアルゴリズムにおける代謝産物の対称性の処理を厳格化したものを報告する．このアルゴリズム厳格化の過程で，これまでのアルゴリズムではその経路に可能な複数の原子レベルマッピングのうちの限られたものしか算出できないような EFM 型経路があることが判明した．このような EFM 型経路に対して可能な複数の原子レベルマッピングをすべて算出するための方法も本稿では述べる．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2020-BIO-61, 号 9, p. 1-8, 発行日 2020-03-05
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会