@techreport{oai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:00203872,
 author = {久保田, 陸人 and 柳澤, 渓甫 and 吉川, 寧 and 大上, 雅史 and 秋山, 泰 and Rikuto, Kubota and Keisuke, Yanagisawa and Yasushi, Yoshikawa and Masahito, Ohue and Yutaka, Akiyama},
 issue = {4},
 month = {Mar},
 note = {創薬研究では数百万～数億件というきわめて多数の化合物群を扱う必要があり，ドッキングシミュレーションの高速化が求められている．本報告では，化合物の多くが共通な部分構造を持つことに着目し，部分構造に対する計算結果を再利用することにより 1 つの標的タンパク質に対して大量の化合物を高速に評価することに特化したドッキングツールを開発した．部分構造の計算結果から化合物全体のスコアを効率的に近似計算する手法を提案し，DUD-E Diverse Subset を用いた実験において，よく用いられているドッキングツールの一つである AutoDock Vina に比べ同等に近い精度を保った上で約 8.4 倍の高速化を確認した．, In the drug discovery, it is necessary to explore a large compound database composed of several to hundred millions of compounds, thus the acceleration of docking calculation is greatly demanded. Reuse of calculation results is one of the feasible ways to accelerate. In this study, we focused on the fact that many of the compounds have common substructures, called fragments, and developed a fast docking tool specialized for the evaluation of a large number of compounds by reusing the docking calculation results of fragments. We propose a docking method to evaluate compounds efficiently by the calculation results of fragments, and we confirmed that the proposed docking method was approximately 8.4 times faster than AutoDock Vina keeping almost same accuracy.},
 title = {共通な部分構造の再利用による高速なタンパク質リガンドドッキング手法の開発},
 year = {2020}
}