EMU tracing: 与えられた代謝ネットワークにより原料elementary metabolite unit (EMU)から生成し得る代謝産物EMUの列挙

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2018-09-11
• タイトル: EMU tracing: 与えられた代謝ネットワークにより原料elementary metabolite unit (EMU)から生成し得る代謝産物EMUの列挙
• タイトル / 言語: en
• タイトル: EMU tracing: listing all the elementary metabolite units (EMU) which can be formed from source EMUs through a given metabolic network
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 岡山大学大学院医歯薬学総合研究科（医）生化学分野
• 著者名: 太田, 潤
• 著者名(英): Jun, Ohta
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: ある物質が目的とする代謝産物の原料となり得るかどうかを知ることは代謝工学分野等で重要である．与えられた代謝ネットワークで代謝産物 A が代謝産物 B の原料となり得るためには A の原子が B の原子までトレースできる経路が存在しなければならない．しかし，このような経路の存在は B の分子全体が A のみから生合成される経路が存在するための十分条件ではないと考えられる．前回の研究報告では，トレーサー実験を模して “原料 isotopomer から 1 段階の反応で生成する isotopomer を列挙して原料 isotopomer に加える” という操作を繰り返すことにより “原料 isotopomer から生成し得るすべての isotopomer” を列挙する isotopomer tracing の手法を提案した．“代謝産物 B に含まれる炭素原子のすべてが代謝産物 A 由来であるような代謝産物 B 生成の経路の存在の有無” は，すべての炭素原子がラベルされた B の isotopomer が，isotopomer tracing により列挙される生成 isotopomer に含まれるかどうかにより判定できる．前回の研究報告後に，isotopomer tracing で isotopomer に行う操作を分子の原子レベルの構造単位である elementary metabolite unit (EMU) に行い，生成し得る代謝産物分子の構造単位 EMU を列挙することは，isotopomer tracing よりも計算上，効率的であることが明らかになった．この，EMU を列挙する手法を EMU tracing と名付けた．EMU tracing で生成し得る EMU を分析すれば，生成物のどの部分が原料 EMU から生成され得るかがわかる．本稿では，EMU tracing とその応用例を紹介するとともに isotopomer tracing との関係を論ずる．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2018-BIO-55, 号 6, p. 1-7, 発行日 2018-09-11
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会