Isotopomer tracing:与えられた代謝ネットワークにより原料isotopomerから生成し得るisotopomerの列挙

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2018-06-06
• タイトル: Isotopomer tracing:与えられた代謝ネットワークにより原料isotopomerから生成し得るisotopomerの列挙
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Isotopomer tracing: listing all the isotopomers synthesizable from source isotopomers through a given metabolic network
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: BIO一般セッション
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 岡山大学大学院医歯薬学総合研究科（医）生化学分野
• 著者名: 太田, 潤
• 著者名(英): Jun, Ohta
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 代謝工学分野では，目的とする代謝産物を生物に作らせるのに適した原料代謝産物を探索するために，代謝ネットワーク上で 2 つの代謝産物をつなぐ経路を計算する研究が行われている．通常，代謝産物 A から代謝産物 B まで原子がトレースできる経路が存在する場合に A が B の原料となり得ると判断する．しかし，このような経路の存在は B の分子全体が A のみから生合成され得ることを保証しない．最近，与えられた代謝ネットワークで，代謝産物 B に含まれる炭素原子のすべてが代謝産物 A 由来であるような代謝産物 B 生成の経路が存在するかどうかを判定し，その経路を例示する手法を開発した．この手法では，最初に代謝ネットワークに与える原料 isotopomer の集合を決め，集合内の原料 isotopomer から代謝ネットワークに含まれる反応 1 段階により生成する isotopomer を列挙する．そして，列挙した isotopomer を原料 isotopomer の集合に加え，再び集合内の原料 isotopomer から代謝ネットワーク内に含まれる反応 1 段階により生成する isotopomer を列挙するということを基本的に繰り返していく．この操作を isotopomer tracing と呼ぶ．本稿では，この手法とその応用例を記す．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2018-BIO-54, 号 48, p. 1-6, 発行日 2018-06-06
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会