相同分子種を利用した多階層分類による遺伝子機能アノテーション

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2008-09-14
• タイトル: 相同分子種を利用した多階層分類による遺伝子機能アノテーション
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Gene Functional Annotation by Ortholog-based Hierarchica Classification
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 神戸大学大学院工学研究科
• 著者所属: 神戸大学自然科学系先端融合研究環
• 著者所属: 神戸大学大学院工学研究科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Engineering, Kobe University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Organization of Advanced Science and Technology, Kobe University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Engineering, Kobe University
• 著者名: 木野, 嘉祐; 関, 和広; 上原, 邦昭
• 著者名(英): Yoshihiro, Kino; Kazuhiro, Seki; Kuniaki, Uehara
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 本研究では，共通祖先からの種分化によって生じた遺伝子 （相同分子種） を利用し，遺伝子機能の階層構造を考慮した多階層分類による遺伝子機能アノテーションの手法を提案する．遺伝子機能とは，当該遺伝子 （の生成物） が持つ性質であり， FlyBase や MGI など既存のモデル生物データベースにおいて各遺伝子の主要な情報として付与されている．これらの遺伝子機能の記述は，複数のモデル生物データベースに対する横断的なアクセスを可能にするため，一種の統制語彙である Gene Ontology （GO） に基づいて行われている． GO は類似の性質ごとに階層関係を生成し，無閉路有向グラフ （DAG） として体系化されている．提案手法は，所与の遺伝子とその相同遺伝子とのマッピングに基づき，当該相同遺伝子に既に付与されている遺伝子機能を制約とし，この制約上で利用可能な訓練事例から動的に分類器を作成することで高精度な分類を行う．先行研究との比較により，提案手法の有効性を示す．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: This paper proposes a novel method for gene functional annotation in the framework of hierarchical classification that uses as constraints the known (already annotated) functions of genes orthologous to a given gene. A gene function is a biological property of a gene or the product it encodes, and is given as main information on each gene in the model organism databases, such as FlyBase and MGI. These gene functions are annotated based on Gene Ontology (GO) that is a kind of controlled vocabulary structured as Directed Acyclic Graph (DAG) to enable uniform access to multiple model organisms databases. Our proposed approach uses gene functions of orthologous gene as constraints, dynamically creating classifiers from the training data available under the constraints. The effectiveness of the proposed approach is demonstrated in comparison with the related work.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10112482
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告データベースシステム（DBS）; 巻 2008, 号 88(2008-DBS-146), p. 205-210, 発行日 2008-09-14
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会