糖質代謝モデルネットワーク上のsingle-atom tracingによる経路計算と経路選択

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2018-03-02
• タイトル: 糖質代謝モデルネットワーク上のsingle-atom tracingによる経路計算と経路選択
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Single-atom tracing in a model network of carbohydrate metabolism and pathway selection
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 岡山大学大学院医歯薬学総合研究科（医）生化学分野
• 著者名: 太田, 潤
• 著者名(英): Jun, Ohta
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 代謝ネットワーク上で 2 つの代謝産物をつなぐ経路を計算する研究が行われてきた．しかし，それらは，クエン酸回路など生物学的に重要な回路があるにもかかわらず，経路の一部として回路を含む経路を計算することを考慮してこなかった．2 つの原子をつなぐ経路の計算法である single-atom tracing は，linear な経路に加えて，回路を含む経路を算出するが，精査することが困難な多数の経路を算出してしまう．本稿では single-atom tracing により得られる経路から，生化学的意味を有する可能性に基づいて経路を選択する方法を提案する．この方法により，糖質代謝モデルネットワーク内に存在する，グルコースの炭素原子から二酸化炭素に至る合計 7876 の経路から 121 経路を選択することができた．選択した経路の中には，linear な経路に加えて，クエン酸回路とペントースリン酸経路の反応または代謝産物が複数回現れる，回路を含む経路が見られた．この結果は，提案する方法が，回路を含む経路を含む，生化学的意味を有する可能性のある，限られた数の経路を列挙することに貢献し得ることを示している．
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2018-BIO-53, 号 6, p. 1-6, 発行日 2018-03-02
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 2188-8590
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会