@article{oai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:00017839,
 author = {山口, 佳樹 and 宮島, 洋介 and 丸山, 勉 and 小長谷, 明彦 and Yoshiki, Yamaguchi and Yosuke, Miyajima and Tsutomu, Maruyama and Akihiko, Konagaya},
 issue = {SIG06(HPS5)},
 journal = {情報処理学会論文誌ハイパフォーマンスコンピューティングシステム（HPS）},
 month = {Sep},
 note = {本論文では，市販のField Programmable Gate Array （FPGA）ボード用いた高速ホモロジー検索システムについて述べる．このシステムは，使用するコンピュータのPCIバスに市販のFPGAボードを1枚挿入するだけで，高速ホモロジー検索を実現するものである．本論文では高性能を得るために，プログラム実行中にそのときどきに応じた最適な回路をFPGA上に実現している．このシステムで，約6400万要素のデータベース配列と2 000要素の問合せ配列のホモロジー検索を実行した結果，約75秒で検索を終了させることができた．これはPentium III 1GHzに対し約150倍の処理速度である．, In this paper, we show that we can achieve high speed homology search by only adding one off-the-shelf PCI board with one Field Programmable Gate Array (FPGA) to a Pentium based computer system in use. FPGA is a reconfigurable device, and any kind of circuits, such as pattern matching program, can be realized in a moment. The performance is almost proportional to the size of FPGA and we can easily obtain latest/larger FPGAs by using off-the-shelf PCI boards with FPGAs, at low costs. The time for comparing a query sequence of 2,048 elements with a database sequence of 64 million elements by the Smith-Waterman algorithm is about 75 sec, which is about 150 times faster than a desktop computer with a 1GHz Pentium III.},
 pages = {196--205},
 title = {書き換え可能ハードウェアを用いた高速ホモロジー検索システム},
 volume = {43},
 year = {2002}
}