書き換え可能ハードウェアを用いた高速ホモロジー検索システム

• Item type: Trans(1)
• 公開日: 2002-09-15
• タイトル: 書き換え可能ハードウェアを用いた高速ホモロジー検索システム
• タイトル / 言語: en
• タイトル: High Speed Homology Search System with Reconfigurable Hardware
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: 専用計算機
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
• 資源タイプ: journal article
• 著者所属: 筑波大学機能工学系
• 著者所属: 筑波大学機能工学系
• 著者所属: 筑波大学機能工学系
• 著者所属: 北陸先端科学技術大学院大学
• 著者所属: 理化学研究所ゲノム科学情報センター
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Institute of Engineering Mechanics and Systems, University of Tsukuba
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Institute of Engineering Mechanics and Systems, University of Tsukuba
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Institute of Engineering Mechanics and Systems, University of Tsukuba
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Japan Advanced Institute of Science and Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Japan Riken Genomic Sciences Center
• 著者名: 山口, 佳樹; 宮島, 洋介; 丸山, 勉; 小長谷, 明彦
• 著者名(英): Yoshiki, Yamaguchi; Yosuke, Miyajima; Tsutomu, Maruyama; Akihiko, Konagaya
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 本論文では，市販のField Programmable Gate Array （FPGA）ボード用いた高速ホモロジー検索システムについて述べる．このシステムは，使用するコンピュータのPCIバスに市販のFPGAボードを1枚挿入するだけで，高速ホモロジー検索を実現するものである．本論文では高性能を得るために，プログラム実行中にそのときどきに応じた最適な回路をFPGA上に実現している．このシステムで，約6400万要素のデータベース配列と2 000要素の問合せ配列のホモロジー検索を実行した結果，約75秒で検索を終了させることができた．これはPentium III 1GHzに対し約150倍の処理速度である．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: In this paper, we show that we can achieve high speed homology search by only adding one off-the-shelf PCI board with one Field Programmable Gate Array (FPGA) to a Pentium based computer system in use. FPGA is a reconfigurable device, and any kind of circuits, such as pattern matching program, can be realized in a moment. The performance is almost proportional to the size of FPGA and we can easily obtain latest/larger FPGAs by using off-the-shelf PCI boards with FPGAs, at low costs. The time for comparing a query sequence of 2,048 elements with a database sequence of 64 million elements by the Smith-Waterman algorithm is about 75 sec, which is about 150 times faster than a desktop computer with a 1GHz Pentium III.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA11560614
• 書誌情報: 情報処理学会論文誌ハイパフォーマンスコンピューティングシステム（HPS）; 巻 43, 号 SIG06(HPS5), p. 196-205, 発行日 2002-09-15
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会