| Item type |
SIG Technical Reports(1) |
| 公開日 |
2017-03-02 |
| タイトル |
|
|
タイトル |
ソフトウェア制御型SSDを用いたゲノム解析向けデータ近傍演算の高速化\n |
| タイトル |
|
|
言語 |
en |
|
タイトル |
Near-data processing for genome analysis using software-controlled SSD |
| 言語 |
|
|
言語 |
jpn |
| キーワード |
|
|
主題Scheme |
Other |
|
主題 |
プロセッサ及び演算処理 |
| 資源タイプ |
|
|
資源タイプ識別子 |
http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh |
|
資源タイプ |
technical report |
| 著者所属 |
|
|
|
株式会社富士通研究所 |
| 著者所属 |
|
|
|
株式会社富士通研究所 |
| 著者所属 |
|
|
|
株式会社富士通研究所 |
| 著者所属 |
|
|
|
株式会社富士通研究所 |
| 著者所属 |
|
|
|
株式会社富士通研究所 |
| 著者所属 |
|
|
|
株式会社富士通研究所 |
| 著者所属(英) |
|
|
|
en |
|
|
Fujitsu Laboratories Ltd. |
| 著者所属(英) |
|
|
|
en |
|
|
Fujitsu Laboratories Ltd. |
| 著者所属(英) |
|
|
|
en |
|
|
Fujitsu Laboratories Ltd. |
| 著者所属(英) |
|
|
|
en |
|
|
Fujitsu Laboratories Ltd. |
| 著者所属(英) |
|
|
|
en |
|
|
Fujitsu Laboratories Ltd. |
| 著者所属(英) |
|
|
|
en |
|
|
Fujitsu Laboratories Ltd. |
| 著者名 |
桑村, 慎哉
風間, 哲
吉田, 英司
小川, 淳二
三吉, 貴史
野口, 泰生
|
| 著者名(英) |
Shinya, Kuwamura
Satoshi, Kazama
Eiji, Yoshida
Junji, Ogawa
Takashi, Miyoshi
Yasuo, Noguchi
|
| 論文抄録 |
|
|
内容記述タイプ |
Other |
|
内容記述 |
データ移動コストを削減してシステムを高速化するため，メモリの近傍で演算を行うデータ近傍演算が最近注目されている．今回，我々はソフトウェア制御型 SSD のコントローラに演算回路を実装し，ゲノム解析分野における遺伝子変異データベースの集約処理に適用した．提案方式は，従来の SSD からデータを読み出して CPU で処理する方式よりも 1.4 倍高速であることが分かった．さらに，SSD 3 台では，全データを主記憶上に展開しておくインメモリ方式よりも高速化できる可能性を示した． |
| 論文抄録(英) |
|
|
内容記述タイプ |
Other |
|
内容記述 |
Recently, a sort of near-data processing is a hot topic, in order to reduce data transfer cost and get higher system performances. We implemented multiple processing units in a software-controlled PCIe card SSD to aggregate gene variants in a genome analysis database. Our proposed method achieves 1.4 times faster than that of conventional methods, which basically fetch data from a SSD database to main memory and process genome anal ysis with multiple CPU. Consequently, to use three PCIe card SSDs has a possibility to overcome even in-memory processing performance, with which all data is prepared in main memory. |
| 書誌レコードID |
|
|
収録物識別子タイプ |
NCID |
|
収録物識別子 |
AN10096105 |
| 書誌情報 |
研究報告システム・アーキテクチャ（ARC）
巻 2017-ARC-225,
号 8,
p. 1-6,
発行日 2017-03-02
|
| ISSN |
|
|
収録物識別子タイプ |
ISSN |
|
収録物識別子 |
2188-8574 |
| Notice |
|
|
|
SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. |
| 出版者 |
|
|
言語 |
ja |
|
出版者 |
情報処理学会 |
IPSJ-ARC17225008.pdf (987.2 kB)
