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  1. 論文誌(トランザクション)
  2. 数理モデル化と応用(TOM)
  3. Vol.40
  4. No.SIG9(TOM2)

アミノ酸配列のマルチプルアライメントにおける反復改善過程の並列化とA*アルゴリズムの適用

https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/17355
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/17355
ab3cad39-ce99-419f-b69a-91e8196646d3
名前 / ファイル ライセンス アクション
IPSJ-TOM4009016.pdf IPSJ-TOM4009016.pdf (2.4 MB)
Copyright (c) 1999 by the Information Processing Society of Japan
オープンアクセス
Item type Trans(1)
公開日 1999-12-15
タイトル
タイトル アミノ酸配列のマルチプルアライメントにおける反復改善過程の並列化とA*アルゴリズムの適用
タイトル
言語 en
タイトル Multiple Protein Sequence Alignment Using Parallel Iterative Algorithm and A* Algorithm
言語
言語 jpn
キーワード
主題Scheme Other
主題 オリジナル論文
資源タイプ
資源タイプ識別子 http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
資源タイプ journal article
著者所属
株式会社情報数理研究所(現 理化学研究所ゲノム科学総合研究センター)
著者所属
技術研究組合新情報処理開発機構
著者所属
技術研究組合新情報処理開発機構
著者所属
技術研究組合新情報処理開発機構
著者所属
弘前大学理工学部
著者所属
技術研究組合新情報処理開発機構
著者所属(英)
en
Information and Mathematical Science Laboratory, Inc / Presently with RIKEN Genomic Sciences Center
著者所属(英)
en
Real World Computing Partnership
著者所属(英)
en
Real World Computing Partnership
著者所属(英)
en
Real World Computing Partnership
著者所属(英)
en
Faculty of Science and Engineering, Hirosaki University
著者所属(英)
en
Real World Computing Partnership
著者名 十時, 泰 秋山, 泰 鬼塚健太郎 野口, 保 斎藤, 稔 安藤, 誠

× 十時, 泰 秋山, 泰 鬼塚健太郎 野口, 保 斎藤, 稔 安藤, 誠

十時, 泰
秋山, 泰
鬼塚健太郎
野口, 保
斎藤, 稔
安藤, 誠

Search repository
著者名(英) Yasushi, Totoki Yutaka, Akiyama Kentaro, Onizuka Tamotsu, Noguchi Minoru, Saito Makoto, Ando

× Yasushi, Totoki Yutaka, Akiyama Kentaro, Onizuka Tamotsu, Noguchi Minoru, Saito Makoto, Ando

en Yasushi, Totoki
Yutaka, Akiyama
Kentaro, Onizuka
Tamotsu, Noguchi
Minoru, Saito
Makoto, Ando

Search repository
論文抄録
内容記述タイプ Other
内容記述 タンパク質のアミノ酸配列のマルチプルアライメントの問題は,アミノ酸残基の保存や置換,欠失や挿入に一定の指標を与え,その総和(sum-ofLpairs)が最大となるものが最も確からしいアライメントであるというモデル化が現在主流になっている.このモデルは,総和の最大化に関する組み合わせ最適化問題を解くこととなる.大規模の問題を計算機で高精度に解くには,組み合わせの数が爆発するため,ヒューリステイクスの導入が必要となり,アライメントの精度と計算時間との間にトレードオフの関係が存在している.そのため実用的には従来から近似的な解法がとられてきた代表的な近似解法は,ツリーベース法であるが,解の精度は必ずしも十分ではなかった.我々は新しい戦略として反復改善法を拡張し,最良優先探索の効率的な近似化を図った上で,最良優先探索における近傍探索を並列実装した.さらに,A*アルゴリズムを適用して探索空間の効率的な刈り込みを実現した.これらの改良の結果,大規模のマルチプルアライメントの問題を高精度に,現実的な計算時間内で得ることを可能とした.
論文抄録(英)
内容記述タイプ Other
内容記述 Since the multiple sequence alignment problem requires enormous calculation time, one is faced with a trade-off between computation time and the quality of alignment. To date, although several approximation methods have been proposed, the quality of alignments produced by previous methods is limited. As a new strategy, we employed an iterative scheme with best-first search, and parallelized its search step. Furthermore we implemented the A* pruning algorithm instead of dynamic programming, to drastically reduce the search space. As a result, our new parallel system enables biologically accurate multiple sequence alignment to be performed within reasonable calculation time.
書誌レコードID
収録物識別子タイプ NCID
収録物識別子 AA11464803
書誌情報 情報処理学会論文誌数理モデル化と応用(TOM)

巻 40, 号 SIG09(TOM2), p. 138-149, 発行日 1999-12-15
ISSN
収録物識別子タイプ ISSN
収録物識別子 1882-7780
出版者
言語 ja
出版者 情報処理学会
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Ver.1 2025-01-22 23:23:03.738188
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