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アイテム
蛋白質化合物複合体立体構造データに基づく類似相互作用蛋白質の検索方式
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/17176
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/1717620f759d3-8a4c-4cbd-95ca-0ea9bc40acbc
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-TOM4701013.pdf (1.1 MB)
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Copyright (c) 2006 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | Trans(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2006-02-15 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 蛋白質化合物複合体立体構造データに基づく類似相互作用蛋白質の検索方式 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Retrieval of Protein with Similar Interaction Based on Structural Data of Protein-compound Complex | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| キーワード | ||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||
| 主題 | バイオインフォマティックス | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 大阪大学大学院情報科学研究科 現在，日産自動車株式会社 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 大阪大学大学院情報科学研究科 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 大阪大学大学院情報科学研究科 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 神戸大学大学院自然科学研究科 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Information Science and Technology Osaka University,Presently with Nissan Motor Co., Ltd. | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Information Science and Technology Osaka University | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Information Science and Technology Osaka University | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Science and Technology Kobe University | ||||||||
| 著者名 |
野々村, 祐介
吉野, 公一
中江, 達哉
大川剛直
× 野々村, 祐介 吉野, 公一 中江, 達哉 大川剛直
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| 著者名(英) |
Yusuke, Nonomura
Koichi, Yoshino
Tatsuya, Nakae
Takenao, Ohkawa
× Yusuke, Nonomura Koichi, Yoshino Tatsuya, Nakae Takenao, Ohkawa
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | 蛋白質の機能解明に向けて，相互作用部位の立体構造が類似する部分構造を持つ蛋白質の検索が重要な役割を果たす．このとき，同様の相互作用が厳密に同一の原子配置によってのみ行われるわけではないため，入力となる相互作用部位立体構造データをそのまま検索のクエリに用いると類似構造の発見が困難になる．そこで本研究では，空間上で近接しており物性の類似する原子をグループ化することによって入力データを抽象化し，抽象化したデータを用いて類似構造の探索を行う方式を提案する．提案した方式を，化合物GDP，NADP，FMN に結合する蛋白質1i4d，1nvt，1um0 を入力として，同じ化合物に結合する複数の立体構造データに適用した結果，類似の相互作用部位を検出し，また，グループ化を行わない手法に比べ誤り部位の検出数を抑えることができ，その有効性が確認された． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | Retrieval of proteins that have similar structures at their interaction site plays an important role in elucidating their functions. This paper proposes a method for retrieving proteins with similar interaction using abstract data by grouping atoms located nearby and having similar physical properties. The proposed method was applied to the retrieval problem where GDPbinding protein 1i4d (PDB ID), NADP-binding protein 1nvt, and FMN-binding protein 1um0 were given as a query. The effectiveness of the method was confirmed by both the facts that it can extract similar interaction sites correctly, and the noises in detection are significantly smaller than in the method that does not group atoms. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AA11464803 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会論文誌数理モデル化と応用（TOM） 巻 47, 号 SIG1(TOM14), p. 110-119, 発行日 2006-02-15 |
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| ISSN | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||
| 収録物識別子 | 1882-7780 | |||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
