遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用

• Item type: Trans(1)
• 公開日: 2006-10-15
• タイトル: 遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Inference of Gene Regulatory Networks from Gene-expression Profiles with Utilization of Biclustering Results
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: オリジナル論文
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
• 資源タイプ: journal article
• 著者所属: 大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
• 著者所属: 大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
• 著者所属: 大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Bioinformatic Engineering, Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Bioinformatic Engineering, Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Bioinformatic Engineering, Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University
• 著者名: 瀧, 浩平; 竹中, 要一; 松田, 秀雄
• 著者名(英): Kohei, Taki; Yoichi, Takenaka; Hideo, Matsuda
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 遺伝子発現プロファイルの蓄積にともない，遺伝子制御ネットワークの推定に，より多くの実験条件を含む発現プロファイルを用いることが可能になった．しかし，モジュールネットワークのような推定手法を，そのような発現プロファイルに対して適用すると，推定精度の低下を招く恐れがある．モジュールネットワークは，発現プロファイルの実験条件の大半で類似した発現を示す遺伝子が多数存在することを前提とするが，多くの実験条件を含む発現プロファイルほどそのような遺伝子は少ない．そこで本研究では，発現プロファイルのバイクラスタリングの結果を利用する．発現プロファイルの実験条件がバイクラスタに含まれる部分のみを用いて推定を行うことで，推定精度の低下の軽減を図る．本手法を出芽酵母の複数の発現プロファイルに対して適用し，有効性を検証した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: The accumulation of gene-expression profiles can allow an inference of a gene regulatory network by using a profile measured under a number of experimental conditions. However, in case of applying to such profile, the conventional methods such as module network model may not perform an inference accurately enough, because of following two facts. 1) Module network can accurately perform an inference only for regulated genes that show similar gene-expression patterns under almost all experimental conditions. 2) In a gene-expression profile that includes more conditions, fewer genes show similar gene-expression patterns. To alleviate the accuracy loss, we utilized a biclustering result for an inference. We performed an inference for regulated genes that were included in a detected bicluster by using gene-expression patterns only under experimental conditions included in the bicluster. We demonstrate the effectiveness of our method by applying to inferences of gene regulatory networks by using various gene-expression profiles of budding yeast.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA11464803
• 書誌情報: 情報処理学会論文誌数理モデル化と応用（TOM）; 巻 47, 号 SIG14(TOM15), p. 118-128, 発行日 2006-10-15
• ISSN / 収録物識別子タイプ: ISSN
• ISSN / 収録物識別子: 1882-7780
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会