RC-012 FPGAに基づく生化学シミュレータにおける反応速度式の類似性に着目したパイプライン自動構築(ハードウェア・アーキテクチャ,査読付き論文)

• Item type: FIT(1)
• 公開日: 2009-08-20
• タイトル: RC-012 FPGAに基づく生化学シミュレータにおける反応速度式の類似性に着目したパイプライン自動構築(ハードウェア・アーキテクチャ,査読付き論文)
• タイトル / 言語: en
• タイトル: RC-012 Automatic Pipeline Construction Focused on Similarity of Rate Law Functions for an FPGA-based Biochemical Simulator
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_5794
• 資源タイプ: conference paper
• 著者所属: 長崎大学大学院生産科学研究科
• 著者所属: 長崎大学大学院生産科学研究科
• 著者所属: 長崎大学大学院生産科学研究科
• 著者所属: 長崎大学工学部
• 著者所属: 成蹊大学理工学部
• 著者所属: 同志社大学理工学部
• 著者所属: 慶應義塾大学大学院理工学研究科
• 著者所属: 慶應義塾大学理工学部
• 著者所属: 慶應義塾大学理工学部
• 著者所属: 慶應義塾大学理工学部
• 著者所属: 長崎大学工学部
• 著者名: 山田, 英樹; 石森, 智也; 大屋, 智範; 柴田, 裕一郎; 長名, 保範; 吉見, 真聡; 西川, 由理; 天野, 英晴; 舟橋, 啓; 広井, 賀子; 小栗, 清
• 著者名(英): YAMADA, Hideki; ISHIMORI, Tomoya; OOYA, Tomonori; SHIBATA, Yuichiro; OSANA, Yasunori; YOSHIMI, Masato; NISHIKAWA, Yuri; AMANO, Hideharu; FUNAHASHI, Akira; HIROI, Noriko; OGURI, Kiyoshi
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: FPGAを用いたシミュレーションシステムでは,回路をチップ上になるべく多く実現することによって並列効果を期待できることから,所望の回路を小規模に実現する技術が重要となる.本稿ではFPGAにおける生化学モデルのシミュレーションを対象に,シミュレーションターゲットに含まれる反応速度式の類似性に着目し,共通の演算回路群を自動的に結合し面積効率のよいパイプラインを合成する手法を提案する.また,この結合によるマルチプレクサの増大が招く周波数低下を抑制するために,反応速度式を類似のグループに分類する手法を提案する.実際の生化学モデルを用いた評価の結果,適切な反応速度式のクラスタリングを行えば,本手法を使わない場合に比べて約66%のハードウェア量で同等のシミュレーションを実行でき,その際の性能上のオーバヘッドは約20%であることが分かった.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA1242354X
• 書誌情報: 情報科学技術フォーラム講演論文集; 巻 8, 号 1, p. 197-204, 発行日 2009-08-20
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会