類似性を考慮した反復的マルチプルアライメント

• Item type: National Convention(1)
• 公開日: 1993-03-01
• タイトル: 類似性を考慮した反復的マルチプルアライメント
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Iterative Multiple alignment with similarity consideration
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_5794
• 資源タイプ: conference paper
• 著者所属: (財)新世代コンピュータ技術開発機構
• 著者所属: (財)新世代コンピュータ技術開発機構
• 著者所属: 松下電器産業株式会社
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Institute for New Generation Computer Technology.
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Institute for New Generation Computer Technology.
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Matusushita Electric Industrial Co.,Ltd.
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: タンパク質配列のマルチプルアライメントの問題は、組合せ最適化問題と捉えることができ、実用的規模の問題では、大量の計算量を必要とする。生物学者が手作業でアライメントをする湯合も、大変な労力が必要であり高品賃で高速な自動アライメントシステムが望まれている。一昨年、反復改善法[Berger 9l]という新しい視点からのアライメント手法が提案された。この方法も従来法[Fenger87、Barton 9O]と同様に、要素技術にタイナミックプログラミング[Needle man 7O]を用いているが、それを反復的に適用することにより、アライメントを徐助に改善していくというものである。しかしながら、反復改善法は、3、4本の配列のアライメントを作成する場合には、有効であるが多数の配列のアライメントを作る場合には計算量が大きくなるので実用的ではない。我々は反復改善法を基に実用的なアライメントアルゴリズムを開発してきた。まず我々は、並列反復改善法[星田92]を開発し、さらに、これを基にツリーベース並列反復改善法[石川92]を開発してきた。これらは、並列コンピュータ向きのアルゴリズムである。ツリーベース並列反復改善法は、それがベースとする並列反復改善法より品質の良いアライメント作り出すが、計算量が大きいという問題点がある。我々は、ベースとする並列反復改善法を配列間の類似性を考慮し改良することにより、ツリーベース並列反復改善法の計算量を削減する方式を開発したので、発表する。以下、まず並列反復改善法、ツリーペース並列反復改善法の説明をしてから、新ツリーペース並列反復改善法の説明をする。最後に、以前のツリーベース並列反復改善法と新ツリーベース並列反復改善法の比較をする。
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN00349328
• 書誌情報: 全国大会講演論文集; 巻 第46回, 号 人工知能及び認知科学, p. 289-290, 発行日 1993-03-01
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会