WEKO3
アイテム
GPU配列相同性検索ツールのマルチGPU向け最適化と長断片への対応
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/109307
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/109307fbf52c44-a1b6-42ae-b5cf-30f7118174fe
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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IPSJ-Z73-1ZF-3.pdf (112.9 kB)
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Copyright (c) 2011 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | National Convention(1) | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2011-03-02 | |||||||||||
| タイトル | ||||||||||||
| タイトル | GPU配列相同性検索ツールのマルチGPU向け最適化と長断片への対応 | |||||||||||
| 言語 | ||||||||||||
| 言語 | jpn | |||||||||||
| キーワード | ||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||
| 主題 | コンピュータと人間社会 | |||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_5794 | |||||||||||
| 資源タイプ | conference paper | |||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||||
| 東工大 | ||||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||||
| 東工大 | ||||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||||
| 東工大 | ||||||||||||
| 著者所属 | ||||||||||||
| 東工大 | ||||||||||||
| 著者名 |
坂田幸佑
× 坂田幸佑
× 鈴木脩司
× 石田貴士
× 秋山泰 |
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| 論文抄録 | ||||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||||
| 内容記述 | 近年、次世代シーケンサーと呼ばれるハイスループットなゲノム解読装置が登場し、大量のDNA断片を短時間で得ることが可能になったが、データの情報解析が追いつかないという深刻な問題が発生している。これに対して先行研究ではGPUを用いて処理することで高速化を実現させた。しかし更なる高速化にはマルチGPU環境への対応が期待される。また最新型のシーケンサーから得られる配列断片が長くなりつつあることで、GPUのメモリ容量の制限内で処理するには設計変更が必要である。そこで本研究では、先行研究で開発された高速なマッピングツールを更に高速化するために、マルチGPU環境向けの最適化と長断片への対応に取り組んだ。 | |||||||||||
| 書誌レコードID | ||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||||
| 収録物識別子 | AN00349328 | |||||||||||
| 書誌情報 |
第73回全国大会講演論文集 巻 2011, 号 1, p. 701-702, 発行日 2011-03-02 |
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| 出版者 | ||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||||||
