2026-04-10T19:40:45Z https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/oai

oai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:00211756 2025-01-19T17:41:34Z 1164:2735:10526:10613

Elementary flux mode型経路における代謝産物分子の生成・利用状態のスナップショットとしての化学量論的な代謝ネットワーク構造 Stoichiometric metabolic network structure as a snapshot of the state of formation and utilization of metabolite molecules in elementary flux mode type pathway 太田, 潤 Jun, Ohta バイオ情報学 (1) 代謝ネットワークにおける “経路” として，化学量論的に釣り合った個々の反応の集合としての “経路” である elementary flux mode 型経路（EFM型経路）を考えることができる．EFM 型経路に対して可能な化学量論的に釣り合った代謝産物レベルネットワーク構造（化学量論的な代謝ネットワーク構造）のそれぞれを EFM 型経路の variant と呼び，EFM 型経路に含まれる反応に関する情報から，EFM 型経路の unique な variant すべてを求めるアルゴリズムを開発してきた．開発したアルゴリズムにおいては，存在可能な 1 つの variant に対する置換として他の異なる variant を算出する．本稿では，各 variant が何種類の異なる置換から生成し得るかを高速に計算する方法を述べる．EFM 型経路の化学量論的な代謝ネットワーク構造を，EFM 型経路における代謝産物分子の生成・利用状態のスナップショット（ある瞬間に存在する EFM 型経路上の各代謝産物分子を直接生成した反応と次の瞬間に直接利用する反応を示す）として理解するとき，各置換には，variant に加えて，代謝産物分子の生成・利用状態が対応する．各 variant が何種類の異なる置換から生成し得るかの情報から，各 variant に対応する型の，EFM 型経路における代謝産物分子の生成・利用状態の起こりやすさがわかると考えられる． 情報処理学会 2021-06-21 jpn technical report https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/211756 2188-8833 AN10505667 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） 2021-MPS-133 22 1 7 https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/record/211756/files/IPSJ-MPS21133022.pdf application/pdf 542.3 kB 2023-06-21