2026-05-20T18:53:24Z https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/oai

oai:ipsj.ixsq.nii.ac.jp:00040953 2025-01-22T12:10:55Z 1164:3500:3612:3613

遺伝子－蛋白質解析システムGENASについて GENAS : A database system for nucleic acid and protein sequence analysis (in Japanease) 久原, 哲 高木, 利久 二村, 祥一 榊, 佳之 林, 勝哉 松尾, 文碩 Satoru, Kuhara Toshihisa, Takagi Syouichi, Futamura Yoshiyuki, Sakaki Katuya, Hayashi Fumihiro, Matsuo 遺伝子?蛋白質解析システムGENASはAdbisをDBMSとしてEMBL Nucleotide Sequence Data Library，Gen Bank，NBRF Protein Data Bankをデータベースとし応用プログラムの実行環境をもつデータベースシステムである。検索機能だけでなく，情報処理機能をもつことにより配列解析に有効であり，同時に個人の配列に対しても同様の解析ができることによりその応用範囲は広い。GENASに登録されている応用プログラムは挿入欠出を含む文字列の高速検索や長大配列の2次構造推定などがあり有効な解析ができるようになっている。霊長類の反復配列であるL1ファミリーの遺伝子，蛋白質の構造解析を行なった。その結果，相同性の高い領域が存在することが明らかとなり，同時にコードしている蛋白質がウィルスのRNA依存性DNAポリメラーゼと相同性があった。 A database system named GENAS, (GENe and protein Analyzing System) for computer analysis of sequence was constructed using a duductive DBMS called Adbis which manages integrated database GENEDB and application programs. GENAS enables us to retrieve any sequence data from EMBL nucleotide sequence data library, GenBank and NBRF protein sequence databank, and readily to analyze them (if necessary, together with private data). Homology search program in application uses Wilber and Lipman's fast algorithm which allows insertion and deletion between a private sequence and database sequence. Second structure of large RNA sequence can be estimated by dynamic programing algorithm. L1 family of repetitive DNA sequences in primate were analyzed homology among sequences using GENAS. Members showed a high homology among each other and long open reading frame in L1 family sequence has siginficant sequence homology to several RNA-dependent polymerase of virus. 情報処理学会 1986-11-28 jpn technical report https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/40953 AN10114171 情報処理学会研究報告情報学基礎（FI） 1986 81(1986-FI-003) 1 9 https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/record/40953/files/IPSJ-FI86003004.pdf application/pdf 1.4 MB 1988-11-28