Contigの<i>k</i>-mer coverage値の分布特徴量を用いたDouble assembly methodの提案

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2013-12-04
• タイトル: Contigの<i>k</i>-mer coverage値の分布特徴量を用いたDouble assembly methodの提案
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Double assembly method with waveform characteristics of contig's <i>p</i>-value for <i>k</i>-mer's coverage
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 現在，琉球大学大学院理工学研究科
• 著者所属: 現在，琉球大学工学部情報工学科
• 著者所属: 現在，琉球大学工学部情報工学科
• 著者名: 大城絢子; 岡崎威生; 名嘉村盛和
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 高速処理機能を搭載したギガシークエンサより獲得した読み取り配列は、多くの読み取りミスを含んでいる。読み取りミスの部位を除去し信頼性の高い結合配列を生成するために、Velvet、ABySS、SSAKE といった、k-mer を用いた de novo assembly method が多く提案されてきた。しかし用いるアセンブリ手法や k 値にアセンブリの結果が依存している事から、本研究では異なる従来手法、k 値により生成した contig に対し、contig を生成する k-mer の coverage 値の分布情報をもとに生成した配列結合ルールを用いた double assembly を提案した。提案手法の検証には、評価値として出力 contig の正解率、被覆率を用いた。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Reads sequences from giga sequencer with parallel processing include many read errors. Various de novo assembly methods by use of k-mer has been proposed in order to remove read error region and derive accurate contigs, such as Velvet, ABySS, SSAKE and so on. But assembly result depends on assembly algorithm and k-value. We designed a double assembly method merging different k-mers and assembly methods with waveform characteristics of contig's p-value for k-mer's coverage. We evaluated it's performance with coverage ratio, correct ratio of output contigs.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2013-MPS-96, 号 8, p. 1-6, 発行日 2013-12-04
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会