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アイテム
グラフを用いたタンパク質のモーション表現法の提案
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/96364
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/963643d0cb4a3-8d64-4fbf-bcb2-b4f2860b4f44
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO13036007.pdf (1.9 MB)
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Copyright (c) 2013 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2013-12-04 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | グラフを用いたタンパク質のモーション表現法の提案 | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 北海道大学知識メディアラボラトリ | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 北海道大学大学院情報科学研究科 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 北海道大学大学院情報科学研究科 | ||||||||
| 著者名 |
安富祖仁
× 安富祖仁
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | 本研究では、分子動力学法 （Molecular Dynamics, MD） を用いたシミュレーションによって得られるタンパク質の時系列座標データ （トラジェクトリ） からの非線形モーション抽出手法を提案した。従来、トラジェクトリからのモーション抽出には主成分分析 （Principal Component Analysis, PCA） を利用した Essential Dynamics Analysis などの手法が用いられてきたが、線形手法に基づく方法ではタンパク質の非線形モーションの扱いが難しいという問題があった。そこで本研究では、タンパク質構造のクラスタリングと構造間の時間的隣接関係を利用して、トラジェクトリ内の構造遷移を表現する有向グラフ （構造遷移グラフ） を構築し、構成されたグラフ内の各辺に対応する構造変化を可視化することで、タンパク質の非線形モーションを抽出する手法を提案した。提案手法を Villin headpiece subdomain （HP-35 NleNle） のトラジェクトリに対して適用した結果、タンパク質の折り畳み過程において生じている部分的回転という非線形モーションの抽出が可能であることが示された。また、構造遷移グラフの形状が従来研究の結果に対応していることも確認された。 | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2013-BIO-36, 号 7, p. 1-7, 発行日 2013-12-04 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
