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  1. 研究報告
  2. バイオ情報学(BIO)
  3. 2013
  4. 2013-BIO-034

データベースの部分文字列クラスタリングによるアミノ酸配列相同性検索の高速化

https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/92656
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/92656
30b8f2d6-b5a4-46b2-8ac5-d4748a874c9b
名前 / ファイル ライセンス アクション
IPSJ-BIO13034014.pdf IPSJ-BIO13034014.pdf (353.2 kB)
Copyright (c) 2013 by the Information Processing Society of Japan
オープンアクセス
Item type SIG Technical Reports(1)
公開日 2013-06-20
タイトル
タイトル データベースの部分文字列クラスタリングによるアミノ酸配列相同性検索の高速化
タイトル
言語 en
タイトル Speed-up of homology search tool using clustering of subsequences in database
言語
言語 jpn
キーワード
主題Scheme Other
主題 一般(BIO)
資源タイプ
資源タイプ識別子 http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
資源タイプ technical report
著者所属
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
著者所属
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
著者所属
東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
著者所属(英)
en
Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
著者所属(英)
en
Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
著者所属(英)
en
Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
著者名 鈴木, 脩司 石田, 貴士 秋山, 泰

× 鈴木, 脩司 石田, 貴士 秋山, 泰

鈴木, 脩司
石田, 貴士
秋山, 泰

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著者名(英) Shuji, Suzuki Takashi, Ishida Yutaka, Akiyama

× Shuji, Suzuki Takashi, Ishida Yutaka, Akiyama

en Shuji, Suzuki
Takashi, Ishida
Yutaka, Akiyama

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論文抄録
内容記述タイプ Other
内容記述 メタゲノム解析では DNA 配列をアミノ酸配列に変換して相同性検索を行うが、次世代シークエンサの登場によって得られるようになった大量の DNA 断片配列の処理に多くの時間がかかるようになっている。このため、我々はあらかじめデータベースを部分文字列に分割して、類似度が高い部分文字列をまとめておき、まずその代表点に対して検索を行うことで効率よく検索する手法を開発した。
論文抄録(英)
内容記述タイプ Other
内容記述 In metagenome analysis, DNA sequences are transformed into amino acid sequences before homology search. However, next generation sequencers became to produce larger data than previous sequencers. And then it takes more time to analyze data from next generation sequencers. Thus, we have made clusters of subsequences from database before homology search and search queries from the representations in clusters to search efficiently.
書誌レコードID
収録物識別子タイプ NCID
収録物識別子 AA12055912
書誌情報 研究報告バイオ情報学(BIO)

巻 2013-BIO-34, 号 14, p. 1-7, 発行日 2013-06-20
Notice
SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
出版者
言語 ja
出版者 情報処理学会
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Ver.1 2025-01-21 14:49:18.760797
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