Sparse k-mer graphアルゴリズムの評価とVelvetへの実装

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2013-06-20
• タイトル: Sparse k-mer graphアルゴリズムの評価とVelvetへの実装
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Evaluation of Sparse k-mer graph algorithm and its implementation on Velvet
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: バイオ情報学
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻／東京工業大学学術国際情報センター
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, Graduate school of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, Graduate school of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, Graduate school of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology / Global Scientific Information and Computing Center, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Computer Science, Graduate school of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 吉川, 舜亮; 石田, 貴士; 関嶋, 政和; 秋山, 泰
• 著者名(英): Shunsuke, Yoshikawa; Takashi, Ishida; Masakazu, Sekijima; Yutaka, Akiyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 近年，次世代シーケンサの開発により大量のゲノム情報を高速かつ低価格で読み取ることが可能となった一方で，一度に読み取ることができるリードの長さが第一世代のシーケンサが数百塩基であるのに比べて第二世代以降のシーケンサでは数十から百数十塩基と短くなっており，それに伴って様々なショートリード向けのアセンブラが考案されている．本研究では，まず高速，省メモリのアセンブラとして近年提案された Sparse Assembler の性能評価を行い，主に最大メモリ使用量，実行時間の面で優れる一方で，出力されるコンティグの質は他のアセンブラに劣ることを確認した．そこで本研究では多くの研究で使用実績のある Velvet にこのアルゴリズムを適用することで，Velvet のアルゴリズムを基本としながらも従来のものより短時間かつ少ないメモリ使用量のアセンブラを実装することを目指した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Development of Next Generation Sequencing technologies has provided an unprecedented increase in DNA sequencing throuput while this technology produces shorter reads than previous technology. These two factors make a number of new short read de novo assemblers. In this report, by evaluation of Sparse Assembler, we clarified that this asssembler is useful at the point of memory usage and time, while producing less quality of contigs than other assemblers already developed. This study was made to assembly with less computer memory and in shorter time than previous study by implement Sparse k-mer graph algorithm on Velvet, which is the most widely used assembler.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2013-BIO-34, 号 1, p. 1-7, 発行日 2013-06-20
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会