［招待講演］生命科学のグランドチャレンジ：次世代生命体統合シミュレーションのソフトウェア開発

• Item type: Symposium(1)
• 公開日: 2013-01-08
• タイトル: ［招待講演］生命科学のグランドチャレンジ：次世代生命体統合シミュレーションのソフトウェア開発
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Grand Challenge in Life Science: Software Development of Next generation Integrated Simulation of Living Matter
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: オーガナイズドセッション：バイオ
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_5794
• 資源タイプ: conference paper
• 著者所属: 理化学研究所
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): RIKEN
• 著者名: 姫野, 龍太郎
• 著者名(英): Ryutaro, Himeno
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 次世代スーパーコンピュータの研究開発プロジェクトの一環として、生命科学分野のグランドチャレンジとして次世代生命体統合シミュレーションの研究開発が2006年10月から開始した。このプロジェクトでは分子スケールから細胞、臓器・全身、脳神経系、データ解析、HPC可視化など、多岐にわたる分野で３４本のソフトウェアを京に向けて開発した。現在そのうち１３本は京の１万ノード以上までの性能向上が確認できた。さらに構造流体連成コードZZ-EFSIでは4.5PFLOPS、分子動力学コードcppmdでは4PFLOPS、心臓シミュレータUT-Heartでは2.9PFLOPSという高い実効性能を達成した。今後、これらのソフトを使った研究成果が出てくるものと期待している。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: We started a life-science grand challenge called the next generation integrated simulation of living matter in October, 2006, included in the next generation supercomputer R&D project. In this project, we have developed 34 codes for K computer from molecular scale and cell scale to organ/whole body scale as well as brain and neural system, data analysis, visualization tools and HPC middleware. 13 codes out of 34 show good scalability over 10,000 nodes of K. ZZ-EFSI: flow-structure coupled code achieved 4.5 PFLOPS, cppmd: molecular dynamics code achieved 4.0 PFLOPS and UT-Heart: human heart simulator achieved 2.9PFLOPS, respectively. We are now estimating those code will produce innovative scientific results soon.
• 書誌情報: ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム論文集; 巻 2013, p. 32-32, 発行日 2013-01-08
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会