Suffix arrayを用いた高速な配列相同性検索の改良とエピゲノム解析への対応

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2012-06-21
• タイトル: Suffix arrayを用いた高速な配列相同性検索の改良とエピゲノム解析への対応
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Speed-up of homology search tool using suffix array and it's extension for epigenomic analysis
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 鈴木, 脩司; 石田, 貴士; 秋山, 泰
• 著者名(英): Shuji, Suzuki; Takashi, Ishida; Yutaka, Akiyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 我々は以前に suffix array を用いた高速な相同性検索システムを提案したが，近年の次世代シークエンサーの進歩が目覚ましく，得られる配列データは増加しており，さらなる高速化が必要とされている．このため，本研究では従来システムの改良を試み，長さ L hash のすべての文字列の suffix array の検索結果を予め計算しておき，これを保存しておく．そして，検索の際は L hash 文字目までの検索には保存しておいたものを読み出すことで高速化した．また，このシステムを用いてエピゲノム解析へも対応するために，バイサルファイト処理を行った DNA 断片配列のマッピングができるように改良を行った．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: We developed the system for fast homology search using suffix array. However, next generation sequencers are improving gradually and become to produce larger data than previous sequencers. Thus, we have developed a new faster system. To accelerate search using suffix array, we store the results of searching patterns whose length is less than Lhash and use them as caches. In addition, we enhanced our system to map bisulfite reads for epigenomics.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2012-BIO-29, 号 24, p. 1-7, 発行日 2012-06-21
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会