タンパク質ドッキング予測における実空間での効率的な評価スコア計算方法の研究

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2012-06-21
• タイトル: タンパク質ドッキング予測における実空間での効率的な評価スコア計算方法の研究
• タイトル / 言語: en
• タイトル: An efficient score calculation method without using FFT in protein docking prediction
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 下田, 雄大; 石田, 貴士; 秋山, 泰
• 著者名(英): Takehiro, Shimoda; Takashi, Ishida; Yutaka, Akiyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: タンパク質ドッキング計算では，高速フーリエ変換 (Fast Fourier Transform，FFT) を応用した高速計算法が知られているが，FFT を用いる場合，評価関数が畳込み和の形式に限定され，設計の自由度が低くなるという欠点がある．そこで，本研究ではより複雑な評価関数を用いることを想定し，FFT を用いない実空間上でのドッキング計算を考える．FFT を利用しないことで生じる計算コストの増大に対し，高スコアの複合体構造の偏在を利用してヒューリスティックに高スコアの複合体構造のみを階層的に探索することで計算結果を変えずに計算時間を短縮するための手法を提案する．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: In protein-protein docking, a fast calculation method using fast Fourier transform (FFT) is well known, but the form of the evaluation function is limited to the sum of convolution. In this study, we developed an efficient docking calculation method without using FFT in order to use various evaluation functions. Against the increase of computational cost, we proposed the heuristic method that hierarchically searches only high-score complex structures using the locality of high-score complex structures.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2012-BIO-29, 号 20, p. 1-3, 発行日 2012-06-21
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会