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アイテム
de novo assembler Velvetのメモリ使用量を削減するプロセス並列手法
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/81539
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/8153962c36f98-c3d3-4e9c-89fe-7dbd77052ae6
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO12028009.pdf (714.1 kB)
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Copyright (c) 2012 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2012-03-21 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | de novo assembler Velvetのメモリ使用量を削減するプロセス並列手法 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Process parallelization for reducing memory usage of de-novo assembler Velvet | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 株式会社富士通研究所 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 株式会社富士通研究所 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 富士通株式会社 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 富士通株式会社 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 富士通株式会社 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| FUJITSU LABORATORIES LTD. | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| FUJITSU LABORATORIES LTD. | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| FUJITSU LIMITED | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| FUJITSU LIMITED | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| FUJITSU LIMITED | ||||||||
| 著者名 |
宇治橋, 善史
× 宇治橋, 善史
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| 著者名(英) |
Yoshifumi, Ujibashi
× Yoshifumi, Ujibashi
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | Velvetは次世代シーケンサ装置から出力される短Read配列のアセンブルを得意とし，広く利用されているde novoアセンブラである．しかし，Velvetは処理に多くのメモリを消費するため，長大なDNA配列を持つ生物種の処理には大容量メモリマシンを用意する必要がある．我々は，この問題を解決するために，Velvetのプロセス並列化を実施した．本稿では，Velvetの１構成プログラムであるvelvethのプロセス並列化手法を提案し，提案手法の実装・評価を行い，提案手法の効果を確認した．この手法により，標準的なPCクラスタシステムで大量配列アセンブルが可能になる． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | Velvet is a de novo assembler for short reads from next generation sequencer and is broadly used. Velvet consumes large amount of memory, so it needs large-scale memory machine to assemble sequences of spieces with large scale chromosomes. In order to solve this problem, we addressed the parallelization of velvet. In this argicle, we propose the method for process parallelization of velveth which is a component program of Velvet, and confirm its effectiveness by implementation and estimation of the proposed method. Our method realizes assembling of large amount of reads on typical PC cluter systems. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2012-BIO-28, 号 9, p. 1-6, 発行日 2012-03-21 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
