近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングによる塩基配列構造情報の有向非循環グラフ表現

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2012-02-23
• タイトル: 近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングによる塩基配列構造情報の有向非循環グラフ表現
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Direct Acyclic Graph for Sequence Structures from Short Read Clustering with Neighboring Reads
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
• 著者所属: 大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
• 著者所属: 大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
• 著者所属: 大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Bioinformatic Engineering, Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Bioinformatic Engineering, Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Bioinformatic Engineering, Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Bioinformatic Engineering, Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University
• 著者名: 上田, 大介; 瀬尾, 茂人; 竹中, 要一; 松田, 秀雄
• 著者名(英): Daisuke, Ueta; Shigeto, Seno; Yoichi, Takenaka; Hideo, Matsuda
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 本研究では高速シーケンサが出力するショートリードを用いて DNA 塩基配列構造の有向非循環グラフ表現を提案する．解析対象となる DNA を断片的に読み取ったショートリードはサンプル特有の塩基配列構造情報を内在している．それらを抽出するためにショートリードクラスタリングが行われるが，従来のクラスタの表示法では構造情報の抽出が難しい．そこで我々は近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングを行い，クラスタを有向非循環グラフで表現することで，構造情報の効果的な抽出を目指す．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: We propose a method to describe DNA sequence structures as direct acyclic graphs from short reads generated by high-throughput sequencer. The sequenced DNA fragments are called the short reads and they inherent sequence structures. Although short read clustering has developed to extract the sequence structures, current description of the clusters is less applicable to it. Therefore we first operate clustering with neighboring reads, and convert the clusters into direct acyclic graph in order to achieve effective extraction of sequence structures.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2012-MPS-87, 号 27, p. 1-2, 発行日 2012-02-23
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会