ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質-RNA間相互作用予測

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2011-06-16
• タイトル: ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質-RNA間相互作用予測
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Docking-calculation-based All-to-all Protein-RNA Interaction Prediction
• 言語: jpn
• キーワード / 主題Scheme: Other
• キーワード / 主題: バイオ情報学研究会・一般講演（A）
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻／日本学術振興会特別研究員
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology / Research Fellow of the Japan Society for the Promotion of Science
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 大上, 雅史; 松崎, 由理; 内古閑, 伸之; 石田, 貴士; 秋山, 泰
• 著者名(英): Masahito, Ohue; Yuri, Matsuzaki; Nobuyuki, Uchikoga; Takashi, Ishida; Yutaka, Akiyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: タンパク質-RNA 間相互作用 （protein-RNA interaction, PRI） は，細胞システムの理解に重要であり，複数のタンパク質と RNA の相互作用関係を網羅的に予測する手法の確立が求められている．我々は立体構造情報を用いたタンパク質間相互作用予測システム MEGADOCK を開発してきたが，本研究では MEGADOCK に対して CHARMM27 核酸原子パラメータを導入することで，RNA 立体構造を扱えるように拡張した．Protein Data Bank より選出した 78 の RNA 結合タンパク質による 78×78 件の網羅的 PRI 予測を行い，元の構造に相当する 78 ペアを正例，その他の 6,006 ペアを負例として評価を行った結果，F 値 0.465 での予測に成功した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Elucidating protein-RNA interactions (PRIs) is important for understanding cellular systems. We developed a PRI prediction method by using a rigid-body protein-RNA docking calculation with tertiary structure data. We evaluated this method by using 78 protein-RNA complex structures from the Protein Data Bank. We predicted the interactions for pairs in 78×78 combinations. Of these, 78 original complexes were defined as positive pairs, and the other 6,006 complexes were defined as negative pairs; then an F-measure value of 0.465 was obtained with our prediction system.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告 バイオ情報学（BIO）; 巻 2011-BIO-25, 号 30, p. 1-8, 発行日 2011-06-16
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会