最長共通部分列に基づくDNA配列の高速クラスタリング

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2010-12-09
• タイトル: 最長共通部分列に基づくDNA配列の高速クラスタリング
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Fast DNA clustering based on Longest Common Subsequence
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 並木, 洋平; 石田, 貴士; 秋山, 泰
• 著者名(英): Youhei, Namiki; Takashi, Ishida; Yutaka, Akiyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 近年，次世代シーケンサーの登場により一度のシーケンシングで大量の DNA 配列データが得られるようになった．これに伴い読み取られた配列データの解析に要する時間が急激に増大したため，大量の配列データを高速処理できる新しい解析アルゴリズムが必要になりつつある．本研究では次世代シーケンサーから得られた DNA 配列のクラスタリングを高速化することを目的とし，配列クラスタリングにおける類似配列ペアの高速フィルタリング手法として 「LCS filtering」 を開発した．これを既存手法と組み合わせることで，精度を維持しつつ大規模 DNA 配列データのクラスタリング処理を大幅に高速化することに成功した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Next generation sequencers enabled us to read huge number of DNA sequences at one time. With this innovation, it became to take much longer time to analyze such vast amounts of sequence data, so now it is highly demanded to develop new faster analysis algorithms to deal with those sequence data. The objective of this study is to speed up clustering of DNA sequences produced by next generation sequencers, and we developed a new fast filtering method called "LCS filtering" to filter similar sequence pairs. By combining this with previous clustering methods, we could accomplish considerable speed up of clustering process of huge amount of DNA sequence data without losing sensitivity.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2010-MPS-81, 号 24, p. 1-7, 発行日 2010-12-09
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会