リランキングを用いたタンパク質ドッキングの精度向上と網羅的タンパク質間相互作用予測への応用

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2010-02-25
• タイトル: リランキングを用いたタンパク質ドッキングの精度向上と網羅的タンパク質間相互作用予測への応用
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Improvement of accuracy of the protein-protein docking calculation by a re-ranking method and its application to all-to-all protein-protein interaction predictions
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属: みずほ情報総研株式会社
• 著者所属: 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Mizuho Information & Research Institute, Inc.
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology
• 著者名: 大上, 雅史; 松崎, 裕介; 松崎, 由理; 佐藤, 智之; 秋山, 泰
• 著者名(英): Masahito, Ohue; Yusuke, Matsuzaki; Yuri, Matsuzaki; Toshiyuki, Sato; Yutaka, Akiyama
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: タンパク質間相互作用 (Protein-Protein Interaction : PPI) ネットワークの解明は細胞システムの理解や構造ベース創薬に重要な課題であり，網羅的 PPI 予測手法の確立が求められている．タンパク質立体構造群から網羅的に相互作用を予測するために，我々は立体形状の相補性と物理化学的性質に基づくタンパク質ドッキングの手法を研究してきた．本研究ではドッキング予測構造の持つエネルギー値によるリランキングを行い，ドッキング予測精度を向上させ，その技法を 44×44 のタンパク質相互作用の総当たり解析に応用して性能を評価した．その結果，従来よりも高精度な網羅的相互作用予測が可能になったことを示す．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: The elucidation of the protein-protein interaction (PPI) network is an important problem in the understanding of the cellular system and structure-based drug design. To predict all-to-all PPI from protein structures, we have been studying the protein docking approach based on the physical/chemical properties and shape complementarity. In this study, we employ a re-ranking method at the docking structure ranking stage based on energy values of decoys and have succeeded to improve the accuracy of docking prediction. In addition, we applied the proposed method to predict PPIs in an all-to-all fashion. As a result of application to 44×44 all-to-all PPI analysis, we obtained an improved performance than previous methods.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2010-BIO-20, 号 3, p. 1-8, 発行日 2010-02-25
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会