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アイテム
物理化学的相互作用の導入による網羅的タンパク質間相互作用予測システムの高精度化
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/62131
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/62131723c4f01-0b4f-45d0-be7a-9b7c82bea80a
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO09017011.pdf (412.2 kB)
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Copyright (c) 2009 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2009-05-18 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 物理化学的相互作用の導入による網羅的タンパク質間相互作用予測システムの高精度化 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system by introduciong physicochemical interaction | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| みずほ情報総研株式会社 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Mizuho Information & Research Institute, Inc. | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Information Science and Engineering, Tokyo Institute of Technology | ||||||||
| 著者名 |
大上, 雅史
× 大上, 雅史
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| 著者名(英) |
Masahito, Ohue
× Masahito, Ohue
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | タンパク質間相互作用 (Protein-Protein Interaction : PPI) ネットワークの解明は細胞システムの理解や構造ベース創薬に重要な課題であり，網羅的 PPI 解析法の確立が求められている．我々は網羅的タンパク質ドッキングシステム “MEGADOCK” を開発してきたが，その予測精度は充分ではなく，改善が望まれていた．本稿では，実数のみで表わされる新たな形状相補性モデルである rPSC (real Pairwise Shape Complementarity) を提案し，さらに静電的相互作用を組み合わせることで，計算時間の大幅な増加を招くことなく精度の向上に成功したことを示す． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | The elucidation of the protein-protein interaction (PPI) network is an important problem in the understanding of the cellular system and structure-based drug design. The establishment of the all-to-all PPI analytical method is also a highly demanded task. We developed an all-to-all protein docking system “MEGADOCK” for this purpose. In this study, we propose a new shape complementarity model rPSC (real Pairwise Shape Complementarity) to improve prediction of MEGADOCK. We also added electrostatic interaction to the imaginary term of the scoring function. We successfully improved the precision without causing large increase of calculation time. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||
| 書誌情報 |
研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2009-BIO-17, 号 11, p. 1-8, 発行日 2009-05-18 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
