WEKO3
アイテム
グラフィックカードを用いた水表面張力の高速分子動力学シミュレーション
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/60774
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/607749912ea23-101a-44c8-b08c-59748cd4ebb3
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-TACS0202010.pdf (492.8 kB)
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Copyright (c) 2009 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | Trans(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2009-07-02 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | グラフィックカードを用いた水表面張力の高速分子動力学シミュレーション | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Fast Molecular Dynamics Simulation of Water Surface Tension Using Graphic Processing Unit | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| キーワード | ||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||
| 主題 | GPU応用 | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 慶應義塾大学大学院理工学研究科 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 慶應義塾大学大学院理工学研究科 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 慶應義塾大学理工学部 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Science and Technology, Keio University | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Graduate School of Science and Technology, Keio University | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Faculty of Science and Technology, Keio University | ||||||||
| 著者名 |
坂牧, 隆司
× 坂牧, 隆司
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| 著者名(英) |
Ryuji, Sakamaki
× Ryuji, Sakamaki
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | 古典分子動力学シミュレーションは界面現象を定量的に観察できる手法である．しかし高い精度の界面系の分子動力学シミュレーションに膨大な計算を必要とする．本研究では，まず高速な分子動力学シミュレーションを行うために，近年発達の著しいグラフィックカードを用いた計算環境を構築した．テスト計算の結果，グラフィックカードを用いて単精度で力の結果を行っても計算精度に問題がなかった．また通常の PC に比べて，O[N2] のアルゴリズムどうしで約 70 倍，O[N log N] の高速なアルゴリズムどうしで 13.4 倍の高速化が確認できた．本計算環境を用い水気液界面の計算を大規模な系で行い，精度の高い界面張力の値を得た．結果，SPC/E モデルは実験値よりも 10 mN/m 程度低い値を示すことが確認された． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | Classical Molecular Dynamics (MD) simulation is a powerful method to investigate interfacial phenomena. However, huge amount of computation is required to perform precise simulation on the interface. In this paper, we used a Graphic Processing Unit (GPU), for accelerating MD simulations. The single precision calculation of forces with the GPU showed sufficient accuracy. The acceleration ratio between a PC and our GPU code is about 70 with O[N2] algorithm and 13.4 with O[N log N] algorithm. We performed large scale simulation of water interface with GPUs, and got with high accuracy its interfacial tension, which is about 10mN/m lower than experimental result. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AA11833852 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会論文誌コンピューティングシステム（ACS） 巻 2, 号 2, p. 89-97, 発行日 2009-07-02 |
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| ISSN | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||
| 収録物識別子 | 1882-7829 | |||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
