Self-organizing clustering: non-hierarchical clustering for large scale DNA sequence data

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2007-06-14
• タイトル: Self-organizing clustering: non-hierarchical clustering for large scale DNA sequence data
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Self-organizing clustering: non-hierarchical clustering for large scale DNA sequence data
• 言語: eng
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 農業生物資源研究所/理化学研究所バイオリソースセンター/筑波大学
• 著者所属: 農業生物資源研究所
• 著者所属: 農業生物資源研究所
• 著者所属: 農業生物資源研究所
• 著者所属: 理化学研究所バイオリソースセンター/筑波大学
• 著者所属: 農業生物資源研究所
• 著者所属: 筑波大学
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): National Institute of Agrobiological Sciences/RIKEN BioResource Center/University of Tsukuba
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): National Institute of Agrobiological Sciences
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): National Institute of Agrobiological Sciences
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): National Institute of Agrobiological Sciences
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): RIKEN BioResource Center/University of Tsukuba
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): National Institute of Agrobiological Sciences
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): University of Tsukuba
• 著者名: 天野, 晃; 市川, 裕章; 中村, 英光; 沼, 寿隆; 深海蘆; 長村卉晃; 小野寺, 夏生
• 著者名(英): Kou, AMANO; Hiroaki, ICHIKAWA; Hidemitsu, NAKAMURA; Hisataka, NUMA; Kaoru, FUKAMI-KOBAYASHI; Yoshiaki, NAGAMURA; Natsuo, ONODERA
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 近年、クラスタリングは長大なＤＮＡシークエンスを分類あるいは解析するための、基本的かつ重要な方法と認識されている。われわれは、･多数のかつ非常に大きなＤＮＡシークエンスをオリゴヌクレオチド頻度にもとづき分類する、Self-Organizing Clustering(SOC)と呼ぶ方法およびプログラムを開発した。プログラムはコマンドラインプログラムパッケージとして開発され、インターネットを通してダウンロードおよび利用が可能である。プログラムのダウンロードは、http://rgp.nias.affrc.go.jp/programs/より、利用は、http://rgp.nias.aｆｆrc.go.jp/SOC/より行なえる。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Recently, clustering has been recognized as an important and fundamental method that analyzes and clas sifies large-scale sequence data to provide useful information. We developed a novel clustering method designated as Self-organizing clustering (SOC) that uses oligonucleotide frequencies for large-scale DNA sequence data. We implemented SOC as a command-line program package, and developed a server that provides access to it enabling visualization of the results. SOC effectively and quickly classifies many sequences that have low or no homology to each other. The command-line program is down loadable at http://rgp.nias.affrc.go.jp/programs/. The on-line web site is publicly accessible at http://rgp.nias.affrc.go.jp/SOC/. The common gateway interface (CGI) scripts for the server is also provided within the package.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2007, 号 60(2007-BIO-009), p. 17-21, 発行日 2007-06-14
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会