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アイテム
アミノ酸残基の空間的出現確率による DNA Binding Protein の機能部位解析
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/58970
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/58970c969c815-2324-4fdc-a656-9b79cfca62b5
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-BIO07010006.pdf (962.1 kB)
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Copyright (c) 2007 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2007-09-13 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | アミノ酸残基の空間的出現確率による DNA Binding Protein の機能部位解析 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Analysis of functional site of DNA Binding Proteins based on spatial existing probability of amino acids | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京理科大学大学院薬学研究科生命情報科学研究室 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京理科大学大学院薬学研究科生命情報科学研究室 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京理科大学大学院薬学研究科生命情報科学研究室 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京理科大学大学院薬学研究科生命情報科学研究室 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Department of Pharmaceutical research, Tokyo University of Science | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Department of Pharmaceutical research, Tokyo University of Science | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Department of Pharmaceutical research, Tokyo University of Science | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Department of Pharmaceutical research, Tokyo University of Science | ||||||||
| 著者名 |
坂辻侑華子
× 坂辻侑華子
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| 著者名(英) |
Yukako, SAKATSUJI
× Yukako, SAKATSUJI
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | 遺伝子発現制御のメカニズムを解明するには、DNA Binding Protein (DBP)の結合部位の構造特性を解明する必要がある。現在の DBP の機能分類は、配列モチーフが主たる根拠となっている。しかし、配列モチーフには、DBP の構造維持に係わるものと DNA 結合の特徴を示すものが混在しており、必ずしも DNA 結合部位に着目した分類とはなっていない。一方、我々は、局所構造情報に基づいた機能部位予測を目的に開発された FCANAL を応用し、DNA 結合部位におけるアミノ酸残基配置の空間的出現確率が、構造的特徴によく対応することを見出してきた。本研究では、これを応用し、DNA 結合部位の構造特性による DBP の分類を試みた。 | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | To explore the mechanism of gene regulation, it is necessary that structural characteristic of binding site on DNA Binding Proteins(DBP) which cognize the cis-element. Database of the DBPs classifies based on sequence motif. However, sequence motif is consisted of residuew related to structure maintenance and DNA binding. On the other hand, we found that spatial existing probability of amino acids in DNA Binding site coped for characteristic of structure, using FCANAL developed for identification functional site based on local structure information and. In this study, We attempt to clarify the structural characteristic of DNA binding sites. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AA12055912 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） 巻 2007, 号 89(2007-BIO-010), p. 41-48, 発行日 2007-09-13 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
