分子動力学法を用いたタンパク質・リガンドの相互作用解析

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2007-12-21
• タイトル: 分子動力学法を用いたタンパク質・リガンドの相互作用解析
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Interaction analysis of Protein-Ligand by molecular dynamics method
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 早稲田大学 理工学部 コンピュータネットワーク工学科／産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
• 著者所属: 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター／早稲田大学理工学術院
• 著者所属: 早稲田大学理工学術院
• 著者所属: 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター／早稲田大学理工学術院
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): The Department of Computer Science , Department of Science and Engineering, Waseda University/Computation Biology Reserch Center, Natinal Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Computation Biology Reserch Center, Natinal Institute of Advanced Industrial Science and Technology/Faculty of Science and Engineering, Waseda University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Faculty of Science and Engineering, Waseda University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Computation Biology Reserch Center, Natinal Institute of Advanced Industrial Science and Technology/Faculty of Science and Engineering, Waseda University
• 著者名: 池田, 潤一; 関嶋, 政和; 村岡, 洋一; 野口, 保
• 著者名(英): Junichi, Ikeda; Masakazu, Sekijima; Muraoka, Youichi; Tamotsu, Noguchi
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: タンパク質とリガンドの相互作用の度合いを数値化した結合自由エネルギーは、タンパク質・リガンド間の機能解析、最近では特に薬を設計する上で重要な情報である。本研究では、汎用的な PC クラスタを用いて、タンパク質とリガンド間の結合自由エネルギー値を求めるシステムを開発する。このシステムは、結合自由エネルギーを求める際に Shirts のアルゴリズム、Jarzynski の等式とベネット受容比法を用いる方法を用いることで大規模分子動力学シミュレーションを行い、計算結果が定量比較可能になることを目指している。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: The binding free energy is important information to understand interaction between protein and ligand. Developing a lead chemical compound which established target of medicine is important to design drug. In this paper, we develop the evaluation system of the binding free energy of protein and ligand which applied Shirts algorithm on PC cluster. We aloso use Jarzynski equation and the Benett reception ratio.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2007, 号 128(2007-BIO-011), p. 143-146, 発行日 2007-12-21
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会