蛋白質立体構造に対するパターン認識：全体の形状、局所構造、表面構造の分類と類似性検索

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2008-12-10
• タイトル: 蛋白質立体構造に対するパターン認識：全体の形状、局所構造、表面構造の分類と類似性検索
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Pattern recognition for Protein three-dimensional structures : Similarity search of protein folds, local atomic arrangements, and molecular surfaces
• 言語: eng
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 阪大免疫学フロンティア
• 著者所属: PDBj, 阪大蛋白研
• 著者所属: 東大医科研
• 著者所属: PDBj, 阪大蛋白研
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Immunology Frontier Research Center, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): PDBj, Institute for Protein Research, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Institute of Medical Science, The University of Tokyo
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): PDBj, Institute for Protein Research, Osaka University
• 著者名: DaronM.Standley; 金城玲; 木下, 賢吾; 中村, 春木
• 著者名(英): Daron, M.Standley; Akira, R.Kinjo; Kengo, Kinoshita; Haruki, Nakamura
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 日本蛋白質構造データバンク （PDBj） では、蛋白質や核酸などの生体高分子の三次元立体構造を、国際蛋白質構造データバンク （wwPDB） のメンバーの一員として、品質管理を行いながら登録・編集業務を行っている [1, 2] 。その一方で、生体高分子の立体構造データ [3] という、テキストや DNA 配列のような discrete でない情報 （アナログ的な情報）に対して、その分類と検索を行う仕組みを開発し公開している [4 ,5] 。講演では、特に、（i） 蛋白質の全体の構造（フォールド）の分類と類似性検索 [6, 7]、（ii） 蛋白質の局所的な機能部位の分類と類似性検索 [8]、（iii) 蛋白質の分子表面の類似性検索 [9-11]、について、その手法の原理とサービスおよび研究への応用を紹介する [12]。
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: The Protein Data Bank Japan (PDBj) curates, edits and distributes protein three-dimensional (3D) structural data as a member of the worldwide Protein Data Bank (wwPDB) and currently processes about 25-30% of all deposited data in the world [1, 2]. In addition to prepare the description formats and the viewers of those structural data [3], several tools and services have been developed for functional annotations from those protein 3D structures [4, 5]. In particular, we have developed the algorithms of (i) rapid and correct similarity search of protein folds [6, 7], (ii) very rapid comprehensive atomic structural alignment of functional sites [8], and (iii) molecular surface comparison with physicochemical properties [9-11]. Several examples of the applications to annotate the protein unknown functions will be shown [12].
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AA12055912
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）; 巻 2008, 号 126(2008-BIO-015), p. 101-102, 発行日 2008-12-10
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会