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アイテム
並列反復改善法によるタンパク質配列のアライメント
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/40815
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/40815a75ced6a-6e71-4a04-95b5-53fb72748d41
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-FI92027002.pdf (1.7 MB)
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Copyright (c) 1992 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 1992-09-08 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 並列反復改善法によるタンパク質配列のアライメント | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Protein Sequence Alignment by Parallel Iterative Method | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| （財）新世代コンピュータ技術開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| （財）新世代コンピュータ技術開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| （財）新世代コンピュータ技術開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| （財）新世代コンピュータ技術開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| （株）情報数理研究所 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Institute for New Generation Computer Technology (ICOT) | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Institute for New Generation Computer Technology (ICOT) | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Institute for New Generation Computer Technology (ICOT) | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Institute for New Generation Computer Technology (ICOT) | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Information and Mathematical Science Laboratory, Inc. | ||||||||
| 著者名 |
星田, 昌紀
× 星田, 昌紀
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| 著者名(英) |
Masaki, Hoshida
× Masaki, Hoshida
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | タンパク質配列のマルチプルアライメントの問題は、組合せ最適化問題と捉えることができ、実用的規模の問題では、大量の計算量を必要とする。生物学者が手作業でアライメントをする場合も、大変な労力が必要であり、高品質で高速な自動アライメントシステムが望まれている。我々は、新世代コンピュータ技術開発機構()で開発された並列推論マシンを利用し、実用規模のアライメントを、現実的な時間内に実行するシステムを構築した。本システムは（ツリーベース）並列反復改善法を用いており、典型的な従来法よりも実行時間は2倍程度になってしまうが、実用規模の問題においても、従来法より高品質なマルチプルアライメントを提供する。 | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | We have studied application systems for parallel inference machine developed in ICOT. The systems analyze protein sequences and generate multiple sequence alignments. That analysis is very important in the field of genetic information processing. This paper reports two systems: a parallel iterative aligner and a tree-based parallel iterative aligner. Although the systems require twice as much execution time as a conventional method, they generate high-quality alignments for even practical-scale problems. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AN10114171 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会研究報告情報学基礎（FI） 巻 1992, 号 68(1992-FI-027), p. 13-24, 発行日 1992-09-08 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
