デジタル信号処理に基づく遺伝子のクラスタリング

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 1999-11-25
• タイトル: デジタル信号処理に基づく遺伝子のクラスタリング
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Clustering of Genes based on Digital Signal Processing
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
• 著者所属: 大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
• 著者所属: 大阪大学大学院基礎工学研究科情報数理系専攻
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Informatics and Mathematical Science, Graduate School of Engineering Science, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Informatics and Mathematical Science, Graduate School of Engineering Science, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Informatics and Mathematical Science, Graduate School of Engineering Science, Osaka University
• 著者名: 坪井, 宣洋; 松田, 秀雄; 橋本, 昭洋
• 著者名(英): Nobuhiro, Tsuboi; Hideo, Matsuda; Akihiro, Hashimoto
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 生物の遺伝子発現量の時系列データを利用して遺伝子を分類する要求が高まっている．現在行われている分類は，いずれも発現データを直接ユークリッド距離等の尺度で比較していた．ところが，実験で得られるデータには実験誤差が含まれており，そのまま解析することは困難である．そこで，本研究では，離散フーリエ変換やウェーブレット変換などのデジタル信号処理の変換方式を適用し，時系列データの時間成分だけでなく，周波数成分も使った解析を行う．これにより，遺伝子発現量のような誤差を含む時系列データの解析が容易になるものと考えられる．本研究では，既に全遺伝子の発現パターンが得られている出芽酵母を対象にして遺伝子のクラスタリングを行う．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: There is a growing need for a method of categorizing genes by analyzing large amounts of time series data obtained from gene expression experiments. Current methods of analyzing such data generally involve comparison based on measures such as Euclidean distance, but this direct comparison is difficult since experimentally derived data contains experimental error. In our work, we analyze not only the time component of the time series data but also the frequency component using digital signal processing methods, such as Fourier and wavelet transformations. These methods are considered helpful in analyzing gene expression data and other types of time sequence data that contain error. We apply these methods to the gene cluster analysis of budding yeast, for which expression data for all genes are available.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 1999, 号 96(1999-MPS-027), p. 5-8, 発行日 1999-11-25
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会