並列木探索によるタンパク質立体配座解析の階層的アプローチによる拡張

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2000-06-26
• タイトル: 並列木探索によるタンパク質立体配座解析の階層的アプローチによる拡張
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Hierarchical Approach to Parallel Tree Search for Protein Conformational Analysis
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 日本鋼管（株）
• 著者所属: 技術研究組合新情報処理開発機構／現在，工業技術院電子技術総合研究所
• 著者所属: 大阪大学大学院基礎工学研究科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): NKK Corporation, Japan
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Real World Computing Partnership/Presently with Electrotechnical Laboratory, AIST
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Engineering Science, Osaka University
• 著者名: 安藤, 誠; 秋山, 泰; 松田, 秀雄
• 著者名(英): Makoto, Ando; Yutaka, Akiyama; Hideo, Matsuda
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 本研究では，階層的に拡張された並列木探索によるタンパク質立体配座解析のモデルを提案する．本モデルでは，すでに枝刈りが行われた幅の狭い部分探索木を用いて原問題の探索木の再構築を行うため，部分問題において枝刈りされた不要な探索空間は，原問題の探索空間からあらかじめ取り除かれる．よって，本モデルの階層的探索は，存在可能な立体配座を見逃しなく探索できるという強みを犠牲にすることなく，無駄な探索操作を大幅に減らすことができる．本稿では，実際のタンパク質に見られるtyrosine cornerと呼ばれる構造の解析を行い，本モデルの有効性，および並列木探索の効果を実証する．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: We report on an enhanced parallel tree search model for protein conformational analysis. By using this model, the original problem of a conformational analysis can be divided into several subproblems, and the search tree of the original problem can be reconstructed using the results of the subproblem analysis. Because the search spaces obtained from the results of the subproblem analysis do not contain any branches for invalid conformations, we can reduce the search space of the original problem. We demonstrate the effect of the new model by analyzing a tyrosine corner, which is found in natural proteins, using the new version of our system based on our enhanced model. We also report on the parallel version of our system that showed excellent speedups over the sequential version when analyzing the conformations of a tyrosine corner.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2000, 号 60(2000-MPS-030), p. 21-24, 発行日 2000-06-26
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会