遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2005-12-20
• タイトル: 遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Inference of Gene Regulatory Networks from Gene-expression Profiles with Utilization of Biclustering Results
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 大阪大学 大学院情報科学研究科 バイオ情報工学専攻
• 著者所属: 大阪大学 大学院情報科学研究科 バイオ情報工学専攻
• 著者所属: 大阪大学 大学院情報科学研究科 バイオ情報工学専攻
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Bioinformatic Engineering Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Bioinformatic Engineering Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Department of Bioinformatic Engineering Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University
• 著者名: 瀧, 浩平; 竹中, 要一; 松田, 秀雄
• 著者名(英): Kohei, Taki; Yoichi, Takenaka; Hideo, Matsuda
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 遺伝子発現プロファイルの蓄積に伴い，遺伝子制御ネットワークの推定に，より多くの実験条件を含む発現プロファイルを用いることが可能になった．しかし，この様な発現プロファイルに対してモジュールネットワークの様な推定手法を適用すると，推定精度の低下を招く恐れがある．モジュールネットワークは，実験条件の大半で類似した発現を示す遺伝子が多数存在することを前提とするが，多くの実験条件を含む発現プロファイルほどその様な遺伝子は少ない．そこで本研究では，発現プロファイルの実験条件がバイクラスタに含まれる部分のみから推定を行うことで，推定精度の低下の軽減を図る．本手法を出芽酵母の発現プロファイルに対して適用し，有効性を検証した．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: The accumulation of gene-expression profiles can allow an inference of gene regulatory networks by using a profile measured under many experimental conditions. However, the conventional methods such as module network may perform not enough accurate inferences against such profiles, because of following two facts. 1) Module network can perform accurate inferences only for genes showing similar gene-expression. 2) In gene-expression profiles with more conditions, fewer genes show similar gene-expression. To alleviate the accuracy loss, we perform an inference by using gene-expression patterns only under experimental conditions included in biclusters. The performance of our method is demonstrated by applying to inferences using various gene-expression profiles of budding yeast.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2005, 号 126(2005-MPS-057), p. 13-16, 発行日 2005-12-20
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会