相互作用RNA2次構造予測―形式文法によるアプローチ―

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 2007-12-21
• タイトル: 相互作用RNA2次構造予測―形式文法によるアプローチ―
• タイトル / 言語: en
• タイトル: Secondary Structure Prediction of Interacting RNAs: A Grammatical Approach
• 言語: eng
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
• 著者所属: 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
• 著者所属: 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Graduate School of Information Science, Nara Institute of Science and Technology
• 著者名: 加藤有己; 阿久津, 達也; 関, 浩之
• 著者名(英): Yuki, Kato; Tatsuya, Akutsu; Hiroyuki, Seki
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 遺伝子発現の転写後調節に係わるRNA 間の相互作用が注目されている．これまで動的計画法に基づいて相互作用する RNA の 2 次構造予測が行われてきたが，形式文法による手法は提案されていなかった．本稿では，多重文脈自由文法（MCFG）に基づいて RNA 間相互作用をモデル化する方法を提案する．まず，MCFG の確率的拡張モデルに対して，確率最大の導出木を計算する多項式時間の構文解析アルゴリズムを与える．これはキッシングヘアピンループを含む結合 2 次構造予測に適用される．また，実験によって提案手法が DP に基づく既存研究と同等以上の性能を上げることを示す．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: Much attention has been paid to RNA-RNA interaction involved in posttranscriptional regulation of gene expression. Although there have been a few studies on secondary structure prediction of interacting RNAs based on dynamic programming (DP) algorithm, no grammar-based approach has been proposed. This paper provides a new modeling for RNA-RNA interaction based on multiple context-free grammar (MCFG). We present a polynomial time parsing algorithm for finding the most likely derivation tree for the stochastic version of MCFG, which is applicable to joint secondary structureprediction including kissing hairpin loops. Also, tests on prediction using the proposed method have shown that our approach is comparable to an existing work based on DP.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN10505667
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）; 巻 2007, 号 128(2007-MPS-067), p. 129-136, 発行日 2007-12-21
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会