タンパク質における立体構造のコード化とその解析

• Item type: SIG Technical Reports(1)
• 公開日: 1996-07-24
• タイトル: タンパク質における立体構造のコード化とその解析
• タイトル / 言語: en
• タイトル: An Encoding Method for Tertiary Protein Structures and Their Analysis
• 言語: jpn
• 資源タイプ / 資源タイプ識別子: http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh
• 資源タイプ: technical report
• 著者所属: 大阪大学大学院基礎工学研究科物理系専攻情報工学分野
• 著者所属: 大阪大学大学院基礎工学研究科物理系専攻情報工学分野
• 著者所属: 大阪大学大学院基礎工学研究科物理系専攻情報工学分野
• 著者所属: 大阪大学大学院基礎工学研究科物理系専攻情報工学分野
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Physical Science Course, Graduate School of Engineering, Science, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Physical Science Course, Graduate School of Engineering, Science, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Physical Science Course, Graduate School of Engineering, Science, Osaka University
• 著者所属(英): en
• 著者所属(英): Physical Science Course, Graduate School of Engineering, Science, Osaka University
• 著者名: 多田, 淳一; 谷口, 文浩; 松田, 秀雄; 橋本, 昭洋
• 著者名(英): Junichi, Tada; Fumihiro, Taniguchi; Hideo, Matsuda; Akihiro, Hashimoto
• 論文抄録 / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録 / 内容記述: 本研究では，タンパク質の立体構造を表す文字列を生成する手法を紹介し，実際の使用例を挙げることで立体構造の比較や検索における本手法の有用性を示す．タンパク質はアミノ酸が一本鎖状につながったものである．そこで，連続した4つのアミノ酸の中心炭素原子の座標をp_<n?2>，p_<n?1>，p_n，p_<n+1>とすると，<p_<n?1>p_n>^^^→と<p_np_<n+1>>^^^→がなす角θと，p_<n?2>，p_<n?1>，p_nとp_<n?1>，p_n，p_<n+1>で定義される二つの平面がなす角γとから（θ，γ）を球座標として持つようなベクトルを得る．中心炭素原子間の距離はほぼ一定であることから，タンパク質の構造はこのベクトルの列として表現できる．このベクトルを最も近い正二十面体の法線ベクトルで量子化する．正二十面体の各面に文字を対応させることにより，一つのベクトルにつき一つの文字が得られる．各ベクトルを示す文字をつなげることにより，タンパク質鎖の立体構造を表す文字列が得られる．立体構造が文字列で表されることによって，既存の様々な文字列処理のアルゴリズムを用いることが可能となる．本研究では，タンパク質の部分構造であるモチーフの検索を行なった．
• 論文抄録(英) / 内容記述タイプ: Other
• 論文抄録(英) / 内容記述: We present an encoding method of tertiary protein structures for exploring similar protein structure. In our method, first describe a protein structure as a sequence of vectors obtained by connecting the central carbon atoms of consecutive amino acids in the protein, then quantizing each vector to twenty representatives by fitting it into one of the normal vectors of the twenty faces in an icosahedron, so that a protein structure is represented by a string of twenty characters. The effectiveness of our method is demonstrated by analyzing a motif (biologically significant partial structure of proteins) using a context-free grammar.
• 書誌レコードID / 収録物識別子タイプ: NCID
• 書誌レコードID / 収録物識別子: AN1009593X
• 書誌情報: 情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）; 巻 1996, 号 67(1996-AL-052), p. 41-48, 発行日 1996-07-24
• Notice: SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc.
• 出版者 / 言語: ja
• 出版者: 情報処理学会