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アイテム
並列シミュレーテッドアニーリングによるアミノ酸配列解析
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/30557
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/305578937596a-d171-42f8-b92d-59bc4747ed80
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-PRO93069001.pdf (1.5 MB)
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Copyright (c) 1993 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 1993-06-18 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 並列シミュレーテッドアニーリングによるアミノ酸配列解析 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Parallel Simulated Annealing Systems for Protein Sequence Analysis | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| （財）新世代コンピュータ技術開発機構研究所第2研究部 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| （財）新世代コンピュータ技術開発機構研究所第2研究部 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 松下電器産業株式会社東京情報システム研究所 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 松下電器産業株式会社東京情報システム研究所 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Institute for New Generation Computer Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Institute for New Generation Computer Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Matsushita Electric Industrial CO., LTD | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Matsushita Electric Industrial CO., LTD | ||||||||
| 著者名 |
戸谷, 智之
× 戸谷, 智之
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| 著者名(英) |
Tomoyuki, Toya
× Tomoyuki, Toya
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | 組み合わせ最適化手法であるシミュレーテッドアニーリングを並列化して、タンパク質アミノ酸配列の解析システムに実現した。複数のプロセッサがそれぞれ解と異なる温度パラメータを所有し、独立に探索を行い、確率的にプロセッサ間で解の交換を行った結果、適当な過程を経た解が低温のプロセッサに現れる"温度並列SA"と、各プロセッサはそれぞれ解と単純な温度スケジュールを持ち、プロセッサ間で順位検定を行うことにより、スケジュールの短縮を行う"並列検定SA"の2種類を、並列計算機PIM/m上に実現した。さらに、従来手法を用いたシステムを加えて、比較、評価を行い、いずれの並列システムも質の高い解の獲得を早期に可能にしていることを確認した。 | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | Using the KL1, a parallel programming language, we developed two parallel systems for multiple sequence alignment on a loosely-connected parallel computer consisting of 64 processors, PIM/m. Multiple sequence alignment is a very typical method of protein sequence similarity analysis. Both systems employ simulated annealing, a stochastic method used to solve complex combinatorial optimization problems. By applying the first system, we can get good solutions without designing a cooling schedule. The second system has two features, the detection of the equilibrium and the passing solution. Both systems performed better than one of the most popular methods of multiple sequence alignment in a much shorter time than sequential simulated annealing systems. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AN10485570 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会研究報告プログラミング（PRO） 巻 1993, 号 52(1993-PRO-069), p. 1-8, 発行日 1993-06-18 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
