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アイテム
並列タンパク質情報解析（PAPIA）システムのPCクラスタ上での実現
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/29670
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/29670fd910455-31fd-45a4-9563-b089edd4a27f
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-HPC97070006.pdf (1.3 MB)
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Copyright (c) 1998 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 1998-03-05 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 並列タンパク質情報解析（PAPIA）システムのPCクラスタ上での実現 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | Parallel Protein Information Analysis (PAPIA) system implemented on RWC PC cluster II | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 技術研究組合新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 技術研究組合新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 技術研究組合新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 技術研究組合新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 技術研究組合新情報処理開発機構 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Real World Computing Partnership | ||||||||
| 著者名 |
秋山, 泰
× 秋山, 泰
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| 著者名(英) |
Yutaka, Akiyama
× Yutaka, Akiyama
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | タンパク質情報解析に必要とされる大規模処理を高速に実行するため、並列タンパク質情報解析(API)システムを、64台のPentium Pro 200MHzプロセサから構成されるRWC PC Cluster II (CC)上に実装した。PCC2上のPAPIAシステムは、タンパク質情報解析における典型的処理（類似構造検索、相同配列検索、マルチプルアライメント）を、逐次の場合に比べ50倍以上高速に実行する。マルチプルアライメントの例では、従来は80分を要した計算が90秒程度で実行できた。WWWブラウザ経由で遠隔地からもPAPIAに計算を投入でき、計算結果はJAVA等を使ったグラフィカルな画面に表示される。さらに我々は、PAPIAシステムへの応用専用に、PCC2と同一設計の応用向けPC Cluster IIa (CC2)を新たに製作した。PCC2aでは、ローカルディスクが4．1GBに拡張されており、全体では200GB規模のデータベースを対象とした並列検索が可能である。 | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | We have implemented the Parallel Protein Information Analysis (PAPIA) system on RWC PC cluster II (PCC2) which consists of 64 Pentium Pro 200MHz node processors. The PAPIA system on PCC2 is capable to perform typical calculations in protein information analysis, such as similar structure search, homologous sequence search, and multiple sequence alignment, 50 times faster than a single processor. Through a WWW browser, a user can submit tasks to the PAPIA system and obtain graphical outputs using JAVA. We have also developed a new cluster, PC Cluster IIa (64 Pentium Pro 200MHz), dedicated to the PAPIA system. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AN10463942 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC） 巻 1998, 号 18(1997-HPC-070), p. 31-36, 発行日 1998-03-05 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
