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蛋白質立体構造の進化的解析のためのNinf版並列MGGとその性能評価
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/29236
https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/records/292368e14cfd4-c9bb-443d-bdde-9739dff1617b
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
IPSJ-HPC02093026.pdf (654.2 kB)
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Copyright (c) 2003 by the Information Processing Society of Japan
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| オープンアクセス | ||
| Item type | SIG Technical Reports(1) | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2003-03-11 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 蛋白質立体構造の進化的解析のためのNinf版並列MGGとその性能評価 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| 言語 | en | |||||||
| タイトル | A Parallel Minimal Generation Gap Model Using Ninf for Evolutionary Analysis of Protein Structures and Its Performance Evaluation | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18gh | |||||||
| 資源タイプ | technical report | |||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 徳島大学 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 徳島大学 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産業技術総合研究所／東京工業大学 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 徳島大学 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 東京工業大学／国立情報学研究所 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 産業技術総合研究所 | ||||||||
| 著者所属 | ||||||||
| 生物分子研究所 | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| The University of Tokushima | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| The University of Tokushima | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)/Tokyo Institute of Technology | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| The University of Tokushima | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Tokyo Institute of Technology/National Institute of Information | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST) | ||||||||
| 著者所属(英) | ||||||||
| en | ||||||||
| Biomolecular Engineering Research Institute | ||||||||
| 著者名 |
小野, 功
× 小野, 功
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| 著者名(英) |
Isao, Ono
× Isao, Ono
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| 論文抄録 | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | 核磁気共鳴法(NMR)は，ポストシーケンスにおける最重要課題の一つである蛋白質立体構造解析の有望な手段である．しかし，専門家でさえ，一つの蛋白質のデータ解析に数ヶ月程度の試行錯誤が必要なことが深刻な問題となっている．これに対し，小野らは遺伝的アルゴリズム(GA)に基づくデータ解析の自動化手法を提案し，小規模な問題において比較的良好な性能を得られたと報告している．本報告では，本手法を高速化するために，産総研が提案しているミドルウェアNinfを用いて，GAの世代交代モデルMinimal Generation Gapの並列化実装を行い，評価実験によりその動作検証および性能評価を行う． | |||||||
| 論文抄録(英) | ||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||
| 内容記述 | Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy is a promising method for the three-dimensional structure determination of proteins that is one of the most important problems in post-sequence era. This method has a serious problem that it takes several months for experts to analyze the data of only one protein. In order to remedy the problem, Ono et al. have proposed an automatic method based on a genetic algorithm (GA) for analyzing the data and determining the three-dimensional structures of proteins and reported that they had good results on relatively small-size problems. In this report, to speed up the GA, we propose an parallel implementation of the generation alternation model, Minimal Generation Gap (MGG), which is employed in the GA. In the implementation, we employ Ninf proposed by National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST) as a middleware. In order to examine the performance, we perform some experiments. | |||||||
| 書誌レコードID | ||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||
| 収録物識別子 | AN10463942 | |||||||
| 書誌情報 |
情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC） 巻 2003, 号 29(2002-HPC-093), p. 149-154, 発行日 2003-03-11 |
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| Notice | ||||||||
| SIG Technical Reports are nonrefereed and hence may later appear in any journals, conferences, symposia, etc. | ||||||||
| 出版者 | ||||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 出版者 | 情報処理学会 | |||||||
